I.10 Other Measures of Linkage Disequilibrium

因为D的取值强烈地依赖于人为制定的等位基因频率(PA及PB),所以它不利于LD程度的比较。标准化的不平衡系数D'能够避免这种对等位基因频率的依赖。D'的计算方法如下:

D'=D/Dmax

这样使得-1<D<1

但当其他所有概率保持不变,当D取分别取正值或负值时,D’值会有所改变,这说明D’在经历0点时会发生变化。

所以,在此加入相关系数r,推导如下:

若相关系数为0,则证明两者独立。

所以,当PA=PB时,相关系数可能为-1或1。

以上这些估计方法通常综合使用。

Linkage Disequilibrium|D‘|r2的更多相关文章

  1. GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

    现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...

  2. chromosome interaction mapping|cis- and trans-regulation|de novo|SRS|LRS|Haplotype blocks|linkage disequilibrium

    Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-The sequencing revolution   s ...

  3. linkage disequilibrium|linkage equilibrium

    I.9 Linkage INDEPENDENCE OF GENOTYPES AT TWO LOCI:若A,B是两个独立位点:PA是基因A的概率,PB是基因B的概率.因为基因A与基因B是相互独立的位点, ...

  4. VCFtools

    The C++ executable module examples This page provides usage examples for the executable module. Exte ...

  5. GWAS Catalog数据库简介

    GWAS Catalog The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS ...

  6. Dnasp计算LD

    Dnasp计算LD Table of Contents 1 Dnasp 计算LD 1 Dnasp 计算LD Dnasp有很多的功能,现在主要来记录其计算LD的功能. 首先File——然后打开data— ...

  7. 连锁不平衡LD

    http://wenku.baidu.com/link?url=Fr_C7J5F4KusZTpZJUfuVfh4Bpyb9BAY7IQhWAOYirQJW0Oz-X3fI5r41aPHiQR8ENn9 ...

  8. GWAS条件分析(conditional analysis)

    一.为什么要做GWAS的条件分析(conditional analysis) 我们做GWAS的时候,经常扫出一堆显著的信号,假设rs121是我们扫出来与某表型最显著相关的位点(P=1.351e-36) ...

  9. 文献笔记:Genome-wide associations for birth weight and correlations with adult disease

    该文献纳入了EGG(Early Growth Genetics Consortium)和UK biobank两大数据库,分为欧洲祖先和非欧洲祖先群体.这两个数据用到的样本量分别如下: Early Gr ...

随机推荐

  1. redis主要配置项

    目录 redisd配置 redis主要配置项 这里就列举两例示例,之后的实验会有详细的示例!! redisd配置 redis主要配置项 bind 0.0.0.0 #监听地址,可以用空格隔开后多个监听I ...

  2. [题解] Luogu P5641 【CSGRound2】开拓者的卓识

    这个柿子挺别致的......还有信仰膜数998244353 直接讲正解吧...... 首先发现这个柿子从上往下算好像不怎么行,我们从下往上看,(下面令\(Ans_r = sum_{k,1,r}\)). ...

  3. iOS基础——通过案例学知识之xib、plist、mvc

    透过案例学习xib的使用.plist的使用.mvc在iOS的使用,今天要做的案例效果图 1.xib和nib xib文件可以被XCode编译成nib文件,xib文件本质上是一个xml文件,而nib文件就 ...

  4. C++中获取当前时间并格式化输出

    #include <string> #include <time.h> using namespace std; string getTime() { time_t timep ...

  5. js动态删除行错误

    Uncaught TypeError: Failed to execute 'removeChild' on 'Node': parameter 1 is not of type 'Node'. js ...

  6. 动手动脑 4 String 类

    动手动脑1: 请运行以下示例代码StringPool.java,查看其输出结果.如何解释这样的输出结果?从中你能总结出什么?       在Java中,内容相同的字串常量(“Hello”)只保存一份以 ...

  7. Codeforces 1299B/1300D - Aerodynamic

    题目大意: 给定一个图形S,让这个图形任意平移,但是要保证原点(0,0)一直在它的内部或者边上 最后把它能移动到的所有位置进行拼合可以得到一个图形T 问图形S与图形T是否相似 点会按照逆时针顺序给出 ...

  8. MySQL硬核干货:从磁盘读取数据页到缓冲池时,免费链表有什么用?

    1.数据库启动的时候,是如何初始化Buffer Pool的? 现在我们已经搞明白一件事儿了,那就是数据库的Buffer Pool到底长成个什么样,大家想必都是理解了 其实说白了,里面就是会包含很多个缓 ...

  9. Go get unrecognized import path "gopkg.in/yaml.v2"

    安装gin: go get -u github.com/gin-gonic/gin 出现错误: package gopkg.in/yaml.v2: unrecognized import path & ...

  10. Neo4j安装配置(mac)

    Neo4j安装配置(mac) 1.下载APP 注意:无需配置变量 下载地址:https://neo4j.com/download/ 2.安装程序并启动 3.创建数据库(local) 选择版本 4.启动 ...