Linkage Disequilibrium|D‘|r2
I.10 Other Measures of Linkage Disequilibrium
因为D的取值强烈地依赖于人为制定的等位基因频率(PA及PB),所以它不利于LD程度的比较。标准化的不平衡系数D'能够避免这种对等位基因频率的依赖。D'的计算方法如下:

D'=D/Dmax

这样使得-1<D<1
但当其他所有概率保持不变,当D取分别取正值或负值时,D’值会有所改变,这说明D’在经历0点时会发生变化。
所以,在此加入相关系数r,推导如下:

若相关系数为0,则证明两者独立。
所以,当PA=PB时,相关系数可能为-1或1。
以上这些估计方法通常综合使用。
Linkage Disequilibrium|D‘|r2的更多相关文章
- GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing
现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...
- chromosome interaction mapping|cis- and trans-regulation|de novo|SRS|LRS|Haplotype blocks|linkage disequilibrium
Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-The sequencing revolution s ...
- linkage disequilibrium|linkage equilibrium
I.9 Linkage INDEPENDENCE OF GENOTYPES AT TWO LOCI:若A,B是两个独立位点:PA是基因A的概率,PB是基因B的概率.因为基因A与基因B是相互独立的位点, ...
- VCFtools
The C++ executable module examples This page provides usage examples for the executable module. Exte ...
- GWAS Catalog数据库简介
GWAS Catalog The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS ...
- Dnasp计算LD
Dnasp计算LD Table of Contents 1 Dnasp 计算LD 1 Dnasp 计算LD Dnasp有很多的功能,现在主要来记录其计算LD的功能. 首先File——然后打开data— ...
- 连锁不平衡LD
http://wenku.baidu.com/link?url=Fr_C7J5F4KusZTpZJUfuVfh4Bpyb9BAY7IQhWAOYirQJW0Oz-X3fI5r41aPHiQR8ENn9 ...
- GWAS条件分析(conditional analysis)
一.为什么要做GWAS的条件分析(conditional analysis) 我们做GWAS的时候,经常扫出一堆显著的信号,假设rs121是我们扫出来与某表型最显著相关的位点(P=1.351e-36) ...
- 文献笔记:Genome-wide associations for birth weight and correlations with adult disease
该文献纳入了EGG(Early Growth Genetics Consortium)和UK biobank两大数据库,分为欧洲祖先和非欧洲祖先群体.这两个数据用到的样本量分别如下: Early Gr ...
随机推荐
- PyTorch实战:经典模型LeNet5实现手写体识别
在上一篇博客CNN核心概念理解中,我们以LeNet为例介绍了CNN的重要概念.在这篇博客中,我们将利用著名深度学习框架PyTorch实现LeNet5,并且利用它实现手写体字母的识别.训练数据采用经典的 ...
- JAVA字节码文件之第四篇(方法分析)
一.Methods 方法字节码结构 Methods 字节码结构: Methods num:占两byte,Methods 的具体内存占n个byte 方法中每个属性都是Attribute_info,Att ...
- Swift - UISplitViewController
https://blog.csdn.net/weixin_43704791/article/details/86424080 2019年01月13日 AppDelegate中: func applic ...
- (7)opencv图片内部的基本处理
就是,给定我们一张图片,我们可以对图片的每一个像素的色彩进行处理 比如,我们的原图是这个样子 然后我首先将他变成灰度图(灰度图的行道是1,就是chanaual是1) 然后,我又将灰色图片的黑白进行颠倒 ...
- OO第三单元“技术”博客
主要针对第三单元的三次作业 JML语言的理论基础.应用工具链情况 JML指的是Java建模语言,全称是Java modeling language,是一种行为接口规范语言,可用于指定Java模块的行为 ...
- c++ 模板联系4
//定义类成员函数特化类型 #include "stdafx.h" #include <iostream> using namespace std; typedef f ...
- js数组取对象
数组取对象 var arr1 = [ { id: "1", name: "one", age: "one" }, { id: "2 ...
- iOS部分页面横屏显示
在iOS系统支持横屏顺序默认读取plist里面设置的方向(优先级最高)等同于Xcode Geneal设置里面勾选application window设置的级别次之 然后是UINavigationcon ...
- .NET技术-4.0. NETCORE跨域
.NET技术-4.0. NETCORE跨域 1.安装程序CORS程序包,一般默认都带了此程序包的 Install-Package Microsoft.AspNetCore.Mvc.Cors 2.配置C ...
- LCIS HDU - 3308 (线段树区间合并)
LCIS HDU - 3308 Given n integers. You have two operations: U A B: replace the Ath number by B. (inde ...