如何识别自己基因组数据是哪个全基因组参考版本(Genome Reference Versions/ Genome Build)
首先在这里先感谢我们【Bio生信学习交流群】的群友和创建此群的群主【陈博士后】。
今天解决的问题是怎么查看自己的基因组数据是哪个Genome Reference Versions。
步骤:
第一步,打开你的基因组数据bim文件(Plink格式),随便找一个SNP,如下图。

第二步,复制选中位点的rs编号(上图黄色框内容),然后打开NCBI网站,选中SNP选项,将位点的rs编号黏贴进去,点即查询。

第三步,查看查询结果中的位置信息,下图蓝色标记。根据图一,我们数据中rs1260143位点的位置信息为3162204(图一红色标记),至此,我们知道该基因数据的Genome Reference为【GRCh37】。

总结,数据分析的任何一个小步骤,有可能需要消耗你一点点半天至一天时间来找解决办法,因为很多小问题网上都没帖子可以看【因为对入门了的人都不是问题】。所以此随笔日记分享给由同样需求的科研小白们,共勉!再次感谢我们的交流群。
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