如何使用Bowtie2

相似功能的有:

创建索引

创建索引bowtie2-build使用的命令。 -f指定要索引文件后,再给予索引的名称。名称可以连接到任何。

 bowtie2 build-f reference_dna.fa INDEX_NA

转载:https://translate.google.co.jp/translate?hl=zh-CN&sl=ja&u=http://bi.biopapyrus.net/transcriptome/map/bowtie2.html&prev=search

Bowtie2的更多相关文章

  1. bowtie1和bowtie2的比较

    1.对于长度大于50bp的reads,bowtie2更精确:而小于50bp的reads,bowtie1更精确更快速 2.bowtie2支持的reads长度没有上限,当然reads长度在50~1000b ...

  2. 安装生物信息学软件-bowtie2

    好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio ...

  3. 生物信息学工具--bowtie&bowtie2

    Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowt ...

  4. bowtie2 Linux安装

    目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安 ...

  5. Hisat2 bowtie2比对结果解读(Hisat2 Alignment summary)

    RNA-seq数据的比对结果怎么解读?网上有很多人问,这里做一个大致的总结. Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment su ...

  6. Bowtie2的安装与使用

    Bowtie2的安装与使用  2017-06-15 18:58:52     342     0     0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不 ...

  7. bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列

    今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not f ...

  8. bowtie2用法

    bowtie2的功能:短序列的比对 用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r&g ...

  9. 30、 bowtie和bowtie2使用条件区别及用法

    转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, ...

随机推荐

  1. 通过HWND获得CWnd指针

    cwnd 又为计算机网络中拥塞窗口(congestion window)的简写.拥塞窗口的大小取决于网络的拥塞程度,并且动态地在变化.发送方让自己的发送窗口还可能小于拥塞窗口. CWnd是MFC窗口类 ...

  2. Java开发中经典的小实例-(打印九九乘法表)

    public class Test16 {    public static void main(String[] args) {        // TODO Auto-generated meth ...

  3. [部署]MVC4.0+EF5.0+ODT+ORACLE相关注意事项

    摘要 项目开发工具:VS2012旗舰版(.NetFrameWork4.5.1),WIN7 64bit,Oracle 11g 服务器环境:Windows Server2008 R2 64bit,.Net ...

  4. springmvc的单文件上传

    @RequestMapping("/up") public ModelAndView up(MultipartFile myfiles , HttpServletRequest r ...

  5. 在应用程序级别之外使用注册为 allowDefinition='MachineToApplication' 的节是错误的

    在MVC中添加授权认证配置之后报了这样的错 原因是在整个MVC项目中有两个Web.Config文件存在authentication节点,一个Web.Config文件在View目录下,一个在根目录下 解 ...

  6. vuex是啥

    vuex是一个状态管理工具. vuex store与一个简单的全局变量的区别是: 1.vuex stores 是响应式的,当组件改变state时,它能响应并高效地更新state. 2.state不能被 ...

  7. 51nod 1027大数乘法

    题目链接:51nod 1027大数乘法 直接模板了. #include<cstdio> #include<cstring> using namespace std; ; ; ; ...

  8. 编写windows版ANE

    1.编写WinANE.dll: #include <windows.h> #include <stdlib.h> #include <FlashRuntimeExtens ...

  9. zookeeper学习系列:二、api实践

    上一章我们知道zookeeper的简介,启动,设置节点以及结构性能.本小节我们来玩玩api,获取下数据. php版本: http://anykoro.sinaapp.com/2013/04/05/%E ...

  10. 在Linux中使用vi打开文件时如何显示行号,及跳转到指定行

    vi 文件名,打开文件后 如果要显示所有行号,使用 :set nu 如果要显示当前行号,使用 :nu 如果要跳转到指定行,使用 :行号 例如,跳转到第10行,使用 :10