如何使用Bowtie2

相似功能的有:

创建索引

创建索引bowtie2-build使用的命令。 -f指定要索引文件后,再给予索引的名称。名称可以连接到任何。

 bowtie2 build-f reference_dna.fa INDEX_NA

转载:https://translate.google.co.jp/translate?hl=zh-CN&sl=ja&u=http://bi.biopapyrus.net/transcriptome/map/bowtie2.html&prev=search

Bowtie2的更多相关文章

  1. bowtie1和bowtie2的比较

    1.对于长度大于50bp的reads,bowtie2更精确:而小于50bp的reads,bowtie1更精确更快速 2.bowtie2支持的reads长度没有上限,当然reads长度在50~1000b ...

  2. 安装生物信息学软件-bowtie2

    好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio ...

  3. 生物信息学工具--bowtie&bowtie2

    Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowt ...

  4. bowtie2 Linux安装

    目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安 ...

  5. Hisat2 bowtie2比对结果解读(Hisat2 Alignment summary)

    RNA-seq数据的比对结果怎么解读?网上有很多人问,这里做一个大致的总结. Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment su ...

  6. Bowtie2的安装与使用

    Bowtie2的安装与使用  2017-06-15 18:58:52     342     0     0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不 ...

  7. bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列

    今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not f ...

  8. bowtie2用法

    bowtie2的功能:短序列的比对 用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r&g ...

  9. 30、 bowtie和bowtie2使用条件区别及用法

    转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, ...

随机推荐

  1. zabbix脚本报警

    zabbix问端设置: 1,设置报警类型 2.设置用户及媒体类型 send_to 就是zabbix输出的$1,脚本中药发给谁 3.设置触发器和动作 触发器 test.temp_conn (自己写一个简 ...

  2. WIN10图标显示异常

    1.打开控制面板,右上边查看方式选择边小图标显示 2.打开显示里面的自定义缩放级别 3.设置级别为125%  然后点击 应用 4.注销或者重启,然后将异常的快捷方式点击打开,就会恢复正常,至少我的是回 ...

  3. indexOf属性不支持

    //此方法是数组的indexof属性不支持特此增加此段代码 if (!Array.prototype.indexOf) { Array.prototype.indexOf = function(elt ...

  4. 《Effective C#》:区别和认识四个判等函数

    .Net有四个判等函数?不少人看到这个标题,会对此感到怀疑.事实上确是如此,.Net提供了ReferenceEquals.静态Equals,具体类型的Equals以及==操作符这四个判等函数.但是这四 ...

  5. 开启curl扩展(转)

    一.win7系统32位, apache2.2, php5.2升级到5.4. 这个比较容易: 1. phpinfo发现没有加载curl; 2. 在php.ini中设置extension_dir 指向e: ...

  6. C#虚方法

    若一个实例方法声明前带有virtual关键字,那么这个方法就是虚方法.虚方法与非虚方法的最大不同是,虚方法的实现可以由派生类所取代,这种取代是通过方法的重写实现的(以后再讲)虚方法的特点:虚方法前不允 ...

  7. Selenium for C#的入门Demo

    原文转载:http://www.cnblogs.com/halia/p/3562132.html?utm_source=tuicool 最近刚开始接触Selenium, 发现很多例子都是用java写的 ...

  8. Ipad Safari iframe cookie 当浏览器默认禁用第三方COOKIE

    前一阵子,我们发现高版本的Safari中默认会阻止第三方cookie,如下图所示. 问题 什么是第三方cookie呢?在访问一个网站A时,网站A算作第一方,如果网站A中引用了另一个网站X(网站X的域名 ...

  9. NSComparisonResul、NSNotFound、NSEnumerationOptions......的用处

    NSNotFound 定义一个值,用于指示请求项找不到或不存在.Defines a value that indicates that an item requested couldn’t be fo ...

  10. 获取数据库里面最新的ID

    你如果新插入的一段资料,你想获取它的ID,就用   “mysql_insert_id()”; 并且要重新定义一个名称