如何使用Bowtie2

相似功能的有:

创建索引

创建索引bowtie2-build使用的命令。 -f指定要索引文件后,再给予索引的名称。名称可以连接到任何。

 bowtie2 build-f reference_dna.fa INDEX_NA

转载:https://translate.google.co.jp/translate?hl=zh-CN&sl=ja&u=http://bi.biopapyrus.net/transcriptome/map/bowtie2.html&prev=search

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