如何使用Bowtie2

相似功能的有：

创建索引

创建索引bowtie2-build使用的命令。 -f指定要索引文件后，再给予索引的名称。名称可以连接到任何。

 bowtie2 build-f reference_dna.fa INDEX_NA


转载：https://translate.google.co.jp/translate?hl=zh-CN&sl=ja&u=http://bi.biopapyrus.net/transcriptome/map/bowtie2.html&prev=search

Bowtie2的更多相关文章

  1. bowtie1和bowtie2的比较

    1.对于长度大于50bp的reads,bowtie2更精确:而小于50bp的reads,bowtie1更精确更快速 2.bowtie2支持的reads长度没有上限,当然reads长度在50~1000b ...

  2. 安装生物信息学软件-bowtie2

    好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio ...

  3. 生物信息学工具--bowtie&bowtie2

    Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowt ...

  4. bowtie2 Linux安装

    目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安 ...

  5. Hisat2 bowtie2比对结果解读（Hisat2 Alignment summary）

    RNA-seq数据的比对结果怎么解读?网上有很多人问,这里做一个大致的总结. Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment su ...

  6. Bowtie2的安装与使用

    Bowtie2的安装与使用  2017-06-15 18:58:52     342     0     0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不 ...

  7. bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列

    今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not f ...

  8. bowtie2用法

    bowtie2的功能:短序列的比对 用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r&g ...

  9. 30、 bowtie和bowtie2使用条件区别及用法

    转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, ...

随机推荐

  1. javascript实现json页面分页

    下午有个朋友问json 数据怎么分页 就捣鼓了一个东东出来 下面直接代码: <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitio ...

  2. 来自苹果的编程语言——Swift简介转载】

    关于 这篇文章简要介绍了苹果于WWDC 2014发布的编程语言——Swift. 原文作者: Lucida Blog 新浪微博 豆瓣 转载前请保留出处链接,谢谢. 前言 在这里我认为有必要提一下Brec ...

  3. 9----Lua中的面向对象

    什么是面向对象? 使用对象.类.继承.封装.消息等基本概念来进行程序设计 面向对象最重要的两个概念就是:对象和类 对象是系统中用来描述客观事物的一个实体,它是构成系统的一个基本单位 一个对象由一组属性 ...

  4. HTML5/CSS3hack

    以下兼容技术我只测试了IE8+ Media Query 媒体查询 <script src="respond.min.js"></script> respon ...

  5. 学习mongo系列（十一）关系

    准备工作:首先在maxh数据库的address集合中先插入数据 > db.address.insert({child_address:"gansu"}) WriteResul ...

  6. Python脚本开头两行的：#!/usr/bin/python和# -*- coding: utf-8 -*-的作用

    #!/usr/bin/Python指定用什么解释器运行脚本以及解释器所在的位置 # -*- coding: utf-8 -*-用来指定文件编码为utf-8的 估计有不少人注意过一些python脚本开头 ...

  7. linux下tar.gz、tar、bz2、zip等解压缩、压缩命令小结

    Linux下最常用的打包程序就是tar了,使用tar程序打出来的包我们常称为tar包,tar包文件的命令通常都是以.tar结尾的.生成tar包后,就可以用其它的程序来进 行压缩了,所以首先就来讲讲ta ...

  8. CSS 3 选择器

    css3叫做样式表  对页面的布局,字体,颜色,背景和其他效果做更精确的布置 支持的浏览器有 chrome safari firfox opera 甚至360都开始支持360用的是别的内核 IE10 ...

  9. request获取各种信息

    private Map<String, String> getHeadersInfo(HttpServletRequest request) { Map<String, String ...

  10. 渲染引擎之Camera

    Camera, 在游戏渲染引擎里面, 如果摄影师的眼睛, 它决定了观众可以看到的游戏内容.从3D技术角度讲,Camera就是如何计算视图矩阵view matrix的模块(这里不讨论透视的方法),无论是 ...