1.对于长度大于50bp的reads，bowtie2更精确；而小于50bp的reads，bowtie1更精确更快速

2.bowtie2支持的reads长度没有上限，当然reads长度在50~1000bp为宜；而bowtie1支持reads长度最长约为1000bp

3.bowtie2的对比支持gap，而bowtie1不支持

4.bowtie2可以支持局部比对，而bowtie1不支持

5.bowtie2的对比支持在参考序列中有N，而bowtie1不支持

bowtie1和bowtie2的比较的更多相关文章

  1. 30、 bowtie和bowtie2使用条件区别及用法

    转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, ...

  2. 使用Tophat+cufflinks分析差异表达

    使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析 ...

  3. 安装生物信息学软件-bowtie2

    好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio ...

  4. 生物信息学工具--bowtie&bowtie2

    Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowt ...

  5. Bowtie2的安装与使用

    Bowtie2的安装与使用  2017-06-15 18:58:52     342     0     0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不 ...

  6. Bowtie2

    如何使用Bowtie2 相似功能的有: 创建索引 创建索引bowtie2-build使用的命令. -f指定要索引文件后,再给予索引的名称.名称可以连接到任何. bowtie2 build-f refe ...

  7. bowtie2 Linux安装

    目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安 ...

  8. Hisat2 bowtie2比对结果解读（Hisat2 Alignment summary）

    RNA-seq数据的比对结果怎么解读?网上有很多人问,这里做一个大致的总结. Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment su ...

  9. bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列

    今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not f ...

随机推荐

  1. 嵌入式Linux驱动学习之路(十六)输入子系统

    以前写的一些输入设备的驱动都是采用字符设备处理的.问题由此而来,Linux开源社区的大神们看到了这大量输入设备如此分散不堪,有木有可以实现一种机制,可以对分散的.不同类别的输入设备进行统一的驱动,所以 ...

  2. 软件工程导论-目录-K-T+RJ大

    目录 10 第1章 软件工程学概述/1 19 1.1 软件危机/1 19 1.1.1 软件危机的介绍/1 19 1.1.2 产生软件危机的原因/3 21 1.1.3 消除软件危机的途径/4 22 1. ...

  3. 重写Oracle的wm_concat函数，自定义分隔符、排序

    oracle中,wm_concat函数是一个聚合函数,和mysql中的group_concat函数类似,不过group_concat函数比较强大,可以定义分隔符和排序,当然所谓强大是相对的,这里假使我 ...

  4. NPOI导出Excel合并表头写入公式

    protected void Btn1_Click(object sender, EventArgs e) { //建立空白工作簿 IWorkbook workbook = new HSSFWorkb ...

  5. 使用工具安装，运行，停止，卸载Window服务

    WSWinForm.exe介绍 WSWinForm.exe是我自己开发的一个实用的小工具,用于将任何EXE程序作为Windows服务运行.也就是说WSWinForm只是其注册程序的服务外壳,这个特性对 ...

  6. vi command

    进入vi的命令 vi filename :打开或新建文件,并将光标置于第一行首 vi +n filename :打开文件,并将光标置于第n行首 vi + filename :打开文件,并将光标置于最后 ...

  7. Spring Boot 添加Shiro支持

    前言: Shiro是一个权限.会话管理的开源Java安全框架:Spring Boot集成Shiro后可以方便的使用Session: 工程概述: (工程结构图) 一.建立Spring Boot工程 参照 ...

  8. 用机器名访问和用Localhost访问时在IE中的区别（备忘）

    meta中未指定文档模式的时候, localhost访问文档模式默认是Edge 机器名访问时文档模式默认是IE7 <head>中添加 <meta http-equiv="X ...

  9. SharpPcap网络包捕获框架的使用--实例代码在vs2005调试通过

    转自:http://hi.baidu.com/boyxgb/blog/item/89ac86fbdff5f82c4e4aea2e.html 由于项目的需要,要从终端与服务器的通讯数据中获取终端硬件状态 ...

  10. cout格式化输出

    问题描述: 有N条绳子, 它们的长度分别为Li. 如果从它们中切割出K条相同的绳子的话,这K条绳子每条最长能有多少? (备注:答案保留两位小数) <1>精确到小数点后两位输出 #inclu ...