Bowtie2
如何使用Bowtie2

相似功能的有:

创建索引
创建索引bowtie2-build使用的命令。 -f指定要索引文件后,再给予索引的名称。名称可以连接到任何。
bowtie2 build-f reference_dna.fa INDEX_NA
转载:https://translate.google.co.jp/translate?hl=zh-CN&sl=ja&u=http://bi.biopapyrus.net/transcriptome/map/bowtie2.html&prev=search
Bowtie2的更多相关文章
- bowtie1和bowtie2的比较
1.对于长度大于50bp的reads,bowtie2更精确:而小于50bp的reads,bowtie1更精确更快速 2.bowtie2支持的reads长度没有上限,当然reads长度在50~1000b ...
- 安装生物信息学软件-bowtie2
好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio ...
- 生物信息学工具--bowtie&bowtie2
Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowt ...
- bowtie2 Linux安装
目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安 ...
- Hisat2 bowtie2比对结果解读(Hisat2 Alignment summary)
RNA-seq数据的比对结果怎么解读?网上有很多人问,这里做一个大致的总结. Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment su ...
- Bowtie2的安装与使用
Bowtie2的安装与使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不 ...
- bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列
今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not f ...
- bowtie2用法
bowtie2的功能:短序列的比对 用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r&g ...
- 30、 bowtie和bowtie2使用条件区别及用法
转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, ...
随机推荐
- (转)C++中的static关键字的总结
文章转自 http://www.cnblogs.com/BeyondAnyTime/archive/2012/06/08/2542315.html C++的static有两种用法:面向过程程序设计中的 ...
- 笔记本_Lenovo_G480
ZC: 这是 严g 的笔记本 1.进入 BIOS --> F2键 2.安装 WinServer2003时,蓝屏 2.1.Win2003的PE(不太明白 这里的PE指什么...)不支持 AHCI ...
- Java面向对象三大特点之继承
概念: 继承就是子类继承父类的特征和行为,使得子类对象(实例)具有父类的实例域和方法,或子类从父类继承方法,使得子类具有父类相同的行为. 生活中的继承: 兔子和羊属于食草动物类,狮子和豹属于食肉动物类 ...
- Head First 设计模式 --5 单例模式
单例模式:确保一个类只有一个实例,并提供一个全局访问点.用到的设计原则:1.封装变化2.组合优于集成3.针对接口变成而不是针对实现4.为交互对象之间的松耦合设计而努力5.类应该对扩展开放,对修改关闭6 ...
- Poisson回归模型
Poisson回归模型也是用来分析列联表和分类数据的一种方法,它实际上也是对数线性模型的一种,不同点是对数线性模型假定频数分布为多项式分布,而泊松回归模型假定频数分布为泊松分布. 首先我们来认识一下泊 ...
- 作业3---for语句及分支结构else-if
1.本次课学习到的知识点: (1)for语句的一般表达式,执行顺序: (2)指定次序的循环程序设计:数列的累加.累乘等: (3)else-if实现的分支结构可以判断语句的真假 2.实验过程中遇到的问题 ...
- 【CSS3】标签使用说明
转换(transform):改变元素的形状.大小和位置. transform:rotate(20deg):顺时针旋转20° rotate()用来2D旋转改变角度.支持负数,表示逆时针. transfo ...
- CentOS 下 rpm包与 yum 安装与卸载
rpm包的安装: 1.安装一个包 # rpm -ivh 2.升级一个包 # rpm -Uvh 3.移走一个包 # rpm -e 4.安装参数 --force 即使覆盖属于其它包的文件也强迫安 ...
- malloc函数详解
一.原型:extern void *malloc(unsigned int num_bytes); 头文件:#include <malloc.h> 或 #include <alloc ...
- css知识点积累
关于样式的优先级问题: !important > style > [ id > class > tag ]; z-index 的属性用法: z-index属性是用来设置元素的 ...
