le final.snp.list | perl -lane '{$a+=1;print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$F[1]"}' | less >snp_site

le final.indel.vcf |grep -v '^#' | less -S|perl -lane '{$a+=1;$b=$F[1]+length($F[3]);print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$b"}' | less -S >indel_site

5、提取snp indel 位点的更多相关文章

  1. bcftools 提取vcf(snp/indel)文件子集

    做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools ...

  2. shapeit提取或去除指定SNP和样本(shapeit extract or exclude SNP, sample)

    shapeit最大的功能是对双链DNA进行phase和基因型进行impute.除此之外,还能提取SNP和样本,同样的,也能去除SNP和样本.下面简单介绍这两个功能. 一.提取SNP 提取SNP用到“- ...

  3. NGS检测SNP

    1,Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam,包含头文件 bwa aln ref.fa test_1.fq > test_1.sai bwa aln ref.fa test_2.fq &g ...

  4. GATK4.1 call SNP

    GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化. 软件安装 1 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/downlo ...

  5. plink提取指定样本的数据(keep函数)

    提取样本见命令行: plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 其中,sampleI ...

  6. eQTL | Expression quantitative trait loci | 数量性状位点 | 表达数量性状基因座

    一篇通俗的文章:eQTL Expression quantitative trait loci (eQTLs) are genomic loci that explain all or a fract ...

  7. eQTL | Expression quantitative trait loci | 表达数量性状基因座 | QTL | 数量性状位点

    到底什么是eQTL? eQTL和QTL之间有什么联系?为什么说QTL比eQTL难很多? QTL和GWAS有什么关系? GTEx数据库里的eQTL数据如何利用? 说eQTL之前必须先解释QTL,QTL, ...

  8. Pooled genome sequence strategies |representative genome assembly approaches|Domestication|GERP|selective sweep|Hybridization|Introgression|iHS|SNP genotyping arrays|haplotype

    Design based on biology 通过比较基因组学的方法,将脊椎动物基因组的数据,解决生物学各方面问题.新的调控注释(在脊椎动物的进化过程中的出现的)可以丰富物种树(比如不同功能蛋白质进 ...

  9. 【转】GATK使用方法详解(包含bwa使用)

    一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验 ...

随机推荐

  1. C#转换人民币大写金额

    /// <summary> /// 转换人民币大写金额. /// </summary> public class RMBConverter { /// <summary& ...

  2. Yii2学习笔记---内附GridView配置总结

    1./vendor/yiisoft/yii2/web/UrlManager.php 方法createUrl 修改url参数转码2.config/web.php 配置文件Yii::$app(应用主体)的 ...

  3. [原创]java WEB学习笔记38:EL 中的 11个 隐含对象 详解

    本博客为原创:综合 尚硅谷(http://www.atguigu.com)的系统教程(深表感谢)和 网络上的现有资源(博客,文档,图书等),资源的出处我会标明 本博客的目的:①总结自己的学习过程,相当 ...

  4. grunt小教程

    本人的博客写了grunt的小教程,从零开始,一步一步的通过例子讲解,希望喜欢的同学给我的github上加颗星,谢谢! github地址: https://github.com/manlili/grun ...

  5. 测试CPU核心个数

    //测试CPU核心个数 #if !defined (_WIN32) && !defined (_WIN64) #define LINUX #include <unistd.h&g ...

  6. Oracle学习笔记_01_SQL初步

    1.分类 SQL语句分为以下三种类型: DML: Data Manipulation Language        数据操纵语言       DDL: Data Definition Languag ...

  7. php 二维数组验证一个值是否存在

    php 判断数字在二维数组里 $arr = array( array('a', 'b'), array('c', 'd') ); in_array('a', $arr); // 此时返回的永远都是 f ...

  8. FFmpeg 基本用法

    FFmpeg FFmpeg 基本用法 本课要解决的问题 1.FFmpeg的转码流程是什么? 2.常见的视频格式包含哪些内容吗? 3.如何把这些内容从视频文件中抽取出来? 4.如何从一种格式转换为另一种 ...

  9. windows下用vs2010编译ffmpeg

    转载自;http://q1q2q3q4q5q6ln.blog.163.com/blog/static/500794332014666536283/ (注意:请务必先阅读:七,后记补充:) ffmpeg ...

  10. 关于对H264码流的TS的封装的相关代码实现

    1 写在开始之前 在前段时间有分享一个H264封装ps流到相关文章的,这次和大家分享下将H264封装成TS流到相关实现,其实也是工作工作需要.依照上篇一样,分段说明每个数据头的封装情况,当然,一样也会 ...