5、提取snp indel 位点
le final.snp.list | perl -lane '{$a+=1;print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$F[1]"}' | less >snp_site
le final.indel.vcf |grep -v '^#' | less -S|perl -lane '{$a+=1;$b=$F[1]+length($F[3]);print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$b"}' | less -S >indel_site
5、提取snp indel 位点的更多相关文章
- bcftools 提取vcf(snp/indel)文件子集
做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools ...
- shapeit提取或去除指定SNP和样本(shapeit extract or exclude SNP, sample)
shapeit最大的功能是对双链DNA进行phase和基因型进行impute.除此之外,还能提取SNP和样本,同样的,也能去除SNP和样本.下面简单介绍这两个功能. 一.提取SNP 提取SNP用到“- ...
- NGS检测SNP
1,Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam,包含头文件 bwa aln ref.fa test_1.fq > test_1.sai bwa aln ref.fa test_2.fq &g ...
- GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化. 软件安装 1 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/downlo ...
- plink提取指定样本的数据(keep函数)
提取样本见命令行: plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 其中,sampleI ...
- eQTL | Expression quantitative trait loci | 数量性状位点 | 表达数量性状基因座
一篇通俗的文章:eQTL Expression quantitative trait loci (eQTLs) are genomic loci that explain all or a fract ...
- eQTL | Expression quantitative trait loci | 表达数量性状基因座 | QTL | 数量性状位点
到底什么是eQTL? eQTL和QTL之间有什么联系?为什么说QTL比eQTL难很多? QTL和GWAS有什么关系? GTEx数据库里的eQTL数据如何利用? 说eQTL之前必须先解释QTL,QTL, ...
- Pooled genome sequence strategies |representative genome assembly approaches|Domestication|GERP|selective sweep|Hybridization|Introgression|iHS|SNP genotyping arrays|haplotype
Design based on biology 通过比较基因组学的方法,将脊椎动物基因组的数据,解决生物学各方面问题.新的调控注释(在脊椎动物的进化过程中的出现的)可以丰富物种树(比如不同功能蛋白质进 ...
- 【转】GATK使用方法详解(包含bwa使用)
一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验 ...
随机推荐
- 剑指offer——树中两个节点的最低公共祖先
代码来源与<剑指offer> 得到从根节点开始到输入的两个结点的两条,需要遍历两次树,每遍历一次的时间复杂度是O(n),得到的两条路径的长度在最差情况时是O(n),通常情况下两条路径的长度 ...
- 在unigui中为组件添加hint
//改变hint的样式procedure TUniForm1.UniFormShow(Sender: TObject);var i: Integer;begin for I := 0 to Self. ...
- EntityFramework 学习 一 DbContext
上一节中EDM自动生成SchoolEntities类,该类继承DbContext EntityFramework4.1之前的版本,EDM生成的类继承ObjectContext,使用ObjectCont ...
- GIT使用[git remove untracked working file]
使用GIT进行merge的时候, git merge --no-ff master 如果merge之后出现问题, 想进行回退, 可以使用 git reset --hard HEAD 来回退到最新的版本 ...
- Network IP Availability Extension
可以查询网络的IP使用情况 neutron net-ip-availability-list neutron net-ip-availability-show GET /v2.0/network-ip ...
- 2015年SCI收录遥感期刊28种目录
链接地址:http://blog.sciencenet.cn/blog-57081-928025.html
- Selenium-几种等待方式
强制等待 一直使用的time.sleep(5),可以放在任意地方,不好的地方,不太准确确定时间 隐形等待 driver.implicitly_wait(5) 设置了一个最长等待时间,如果在规定时间内网 ...
- Servlet简单增删改查
前台页面是别人给的. 例子: package cn.itcast.cus.dao; import java.sql.SQLException; import java.util.ArrayList; ...
- 文件操作类(QFileDialog、QFileInfo、QDir、QDirIterator、QFile)
一.QFileDialog 用于弹出打开或保存对话框,然后返回选择的文件或文件夹 1.可以筛选所需要的文件类型 2.可以设置是否多选 3.可以设置保存还是打开 二.QFileInfo 保存了文件相关信 ...
- jquery中ON方法的使用
以前在jquery中绑定动态元素一直使用live,现在才发现live已经被抛弃了,现在如果想实现live方法,可以使用最新的ON方法,具体使用如下: 替换live() live()写法 $('#l ...