官网说明书:http://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTracksHelp.html

1.genome brower的作用

a,展示任何尺度的基因组片段。比如,想看某条染色体的某个区域的序列。

b,展示某些位置的annotation tracks。比如,你得到一些区域的深度,你想查看下这些区域的深度在染色体上怎么分布的,他们是否有一致性。

annotation tracks展示在基因组坐标的下方。

ucsc自身带有一些annotaton tracks,一半来自已出版的文章,另一半来自其合作者。用户也可以自定义annotation tracks,这边会涉及到tracks的文件格式。

2.genome brower的开始

ucsc genome brower的用法和说明(一)的更多相关文章

  1. 使用UCSC Genome Browser下载人类所有mRNA序列

    打开UCSC Genome Browser官网.网址:http://genome.ucsc.edu/ 点击导航栏的Genome Data 在新的页面中,点击human,可快速定位至页面中人类基因组数据 ...

  2. UCSC genome browser 个人track 安装

    处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信 ...

  3. 生物信息大数据&数据库(NCBI、EBI、UCSC、TCGA)

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  4. 利用mysql客户端查询UCSC数据库

    UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的,该站点包含有人类.小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信 ...

  5. How to use liftover

    First step, installation: download from UCSC genome browser chmod + x Second, very important: to dow ...

  6. ChIP-seq基本流程及工具

    ChIP-seq数据分析整理 1.Alignment 2.Peak detection 3.Peak annotation 1. GO analysis 2. Pathway analysis 4.D ...

  7. ChIP-seq 核心分析 下游分析

    http://icb.med.cornell.edu/wiki/index.php/Elementolab/ChIPseeqer_Tutorial [怪毛匠子 整理] ChIP-seq[核心分析 下游 ...

  8. GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

    现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...

  9. bed文件格式解读

    1)BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息.BED ...

随机推荐

  1. JSP/Servlet环境配置

    下载安装JDK并配置环境变量 这里我下载安装的是jdk-7u51-windows-i586,如果你没有请到Oracle官网下载: [我的电脑]-[高级系统设置]-[环境变量]-系统变量中的Path添加 ...

  2. python 爬虫1 Urllib库的基本使用

    1.简单使用 import urllib2 response = urllib2.urlopen("http://www.baidu.com") print response.re ...

  3. HDU 3080 The plan of city rebuild(除点最小生成树)

    题意  一个城市原来有l个村庄 e1条道路  又添加了n个村庄 e2条道路  后来后销毁了m个村庄  与m相连的道路也销毁了  求使全部未销毁村庄相互连通最小花费  不能连通输出what a pity ...

  4. android自定义View_2——Making the View Interactive

    前言:绘制出一个view只是自定义view的一个部分,还需要自定义一些view的行为,来反馈用户的使用操作,反馈的 行为要合理性,就像真是的物理世界一样,不要太玄幻哦. 可以将view的行为封装到in ...

  5. c++中sin,cos,arcsin等和在C/C++中使用pi (π) 值

    先 #include<math.h> 反3角函数有 acos(double),asin(double),atan(double),atan(double,double),返回值 doubl ...

  6. C++11写算法之冒泡排序

    冒泡排序很形象,指从数组后面将更小的值慢慢浮到前面去,每遍历一趟使得最小值浮到最前面(指当前位置). 这里有点小技巧,当某一次遍历过程中发现无交换,则说明此时数组已经排序完成,可提前退出. 时间复杂度 ...

  7. PHP设置时区的方法

    第一种方法:修改php.ini文件   即:date.timezone = '修改的时区名称'   对全局有效 第二种方法:date_default_timezone_set()动态设置时区,只是当前 ...

  8. ps 教程

    http://www.ps-xxw.cn/ps_cs5_shipinjiaochen.html https://68ps.com/zt/CS6/ https://68ps.com/zt/CC/ htt ...

  9. SharePoint服务器端对象模型 之 对象模型概述(Part 2)

    (三)Url 作为一个B/S体系,在SharePoint的属性.方法参数和返回值中,大量的涉及到了Url,总的来说,涉及到的Url可以分为如下四类: 绝对路径:完整的Url,包含了协议头(http或h ...

  10. 封装AFNetworking

    用了一下AFNetworking感觉比ASIHttprequest 真心好用一些,因为我还是个初学者吧,很多ASIHttprequest 的功能还没有用到,与ASIHttprequest 不用的是AF ...