1.对于长度大于50bp的reads，bowtie2更精确；而小于50bp的reads，bowtie1更精确更快速

2.bowtie2支持的reads长度没有上限，当然reads长度在50~1000bp为宜；而bowtie1支持reads长度最长约为1000bp

3.bowtie2的对比支持gap，而bowtie1不支持

4.bowtie2可以支持局部比对，而bowtie1不支持

5.bowtie2的对比支持在参考序列中有N，而bowtie1不支持

bowtie1和bowtie2的比较的更多相关文章

  1. 30、 bowtie和bowtie2使用条件区别及用法

    转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, ...

  2. 使用Tophat+cufflinks分析差异表达

    使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析 ...

  3. 安装生物信息学软件-bowtie2

    好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio ...

  4. 生物信息学工具--bowtie&bowtie2

    Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowt ...

  5. Bowtie2的安装与使用

    Bowtie2的安装与使用  2017-06-15 18:58:52     342     0     0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不 ...

  6. Bowtie2

    如何使用Bowtie2 相似功能的有: 创建索引 创建索引bowtie2-build使用的命令. -f指定要索引文件后,再给予索引的名称.名称可以连接到任何. bowtie2 build-f refe ...

  7. bowtie2 Linux安装

    目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安 ...

  8. Hisat2 bowtie2比对结果解读（Hisat2 Alignment summary）

    RNA-seq数据的比对结果怎么解读?网上有很多人问,这里做一个大致的总结. Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment su ...

  9. bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列

    今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not f ...

随机推荐

  1. poj1006 / hdu1370 Biorhythms (中国剩余定理)

    Biorhythms 题意:读入p,e,i,d 4个整数,已知(n+d)%23=p;   (n+d)%28=e;   (n+d)%33=i ,求n .        (题在文末) 知识点:中国剩余定理 ...

  2. BZOJ 1061: [Noi2008]志愿者招募 [单纯形法]【学习笔记】

    1061: [Noi2008]志愿者招募 Time Limit: 20 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 3975  Solved: 2421[Submit][Stat ...

  3. Spring事务管理----声明式:利用TransactionProxyFactoryBean生成事务代理

    通常建议采用声明式事务管理.声明式事务管理的优势非常明显:代码中无需关于关注事务逻辑,让spring声明式事务管理负责事务逻辑,声明式事务管理无需与具体的事务逻辑耦合,可以方便地在不同事务逻辑之间切换 ...

  4. 由于log太多导致ubuntu硬盘空间满了，进入不了系统解决办法

    具体现象是在图形界面输入用户名和密码之后,再次提示需要输入用户名和密码. 步骤一:按快捷键进入命令行界面.ctrl+alt+f1. 步骤二:清空文件 clear log cd /var/log sud ...

  5. ubuntu系统下，gsl 库链接问题 -undefined reference to `cblas_xxx`

    今天在ubuntu系统下进行程序调试的时候出现以下错误信息: [ %] Linking CXX executable ../test_coco /usr/local/lib/libgsl.so: un ...

  6. WebService基本使用

    不使用任何框架,纯粹使用JDK开发一个服务端与客户端 服务端 package org.zln.ws.server;import org.slf4j.Logger;import org.slf4j.Lo ...

  7. C#.NET 大型企业信息化系统集成快速开发平台 4.2 版本 - 更优美的Oracle数据库上的代码生成器

    代码生成器进行了改进,针对Oracle数据库生成更优美的代码.这样生成出来的代码,更像微软的风格,更像C#.NET的标准规范,阅读起来也更优美.把Oracle表字段名默认大写, 有_分割等进行了优化, ...

  8. JSX语法简介

    React的核心机制之一就是可以在内存中创建虚拟的DOM元素.React利用虚拟DOM来减少对实际DOM的操作从而提升性能. JSX简介 JSX就是Javascript和XML结合的一种格式.Reac ...

  9. 微信小程序之生命周期(三)

    [未经作者本人同意,请勿以任何形式转载] 上一篇介绍微信小程序开发工具使用和项目目录结构. 这一章节介绍微信小程序的生命周期,什么是生命周期呢? 通俗的讲,生命周期就是指一个对象的生老病死. 从软件的 ...

  10. VUE --- 给页面加点网络动态数据

    这时候的页面都是静态的(数据在写程序的时候已经固定了不能修改),而每个应用基本上都会请求外部数据以动态改变页面内容.对应有一个库叫 vue-resource 帮我们解决这个问题. 使用命令行安装 cn ...