BioGRID 互作数据库

01 — BioGRID BioGRID 是 Biological General Repository for Interactionh Datasets 的缩写(网址为 https://thebiogrid.org),是一个公开的数据库,主要记录.整理包括蛋白.遗传和化学互作的数据,涵盖人类和所有主要的模式生物.BioGRID 网站的主页如下,使用起来也比较简单,只需要输入一个基因ID.关键词或基因名,选择物种,点击搜索即可获得基因互作的结果. 02 — 示例:PHYB 比如以拟南芥中最流行…

下载STRING数据库检索互作关系结果为空，但是在STRING网站却能检索出互作关系，为什么呢？？？关键词用的是蛋白ID（ENSP开头）

首先介绍下两种方法: 一.本地分析 1.在STRING数据库下载人的互作文件,如下图,第一个文件 https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=HGrreq5g8nLI&species_text=Homo+sapiens 2.在本地电脑上(linux),用grep 检索该蛋白的互作关系:ENSP00000359708 ,发现结果是空二.直接到STRING数据库进行互作关系分析 1.检索网址 (1)这个支持多个基因ID或者蛋白ID https:/…

PPI | protein-protein interaction | 蛋白互作分析

STRING database的挖掘这个数据库绝对是做实验人的宝藏,里面包含了各种蛋白互作关系,不用做实验就有一大堆证据. IPA了解一下,收费的高端分析软件,大部分就是整合的这个数据库,很多大佬喜欢用IPA来找明星基因,再来讲故事,实例请看之前解读的CSC paper. 首先了解一下STRING里面有哪些文件可以下载: https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=yMNmD7s36wS8 选你的物种,减少文件大小,常用的就是互作数据: 一般…

汇编语言（学习笔记----寄存器CPU互作原理）

一.段寄存器 1.段寄存器就是提供段地址的,8086CPU有4个段寄存器:CS(代码段寄存器),DS(数据段寄存器),SS(堆栈段寄存器),ES(附加段寄存器) 2.当8086CPU要访问内存时,由这4个段寄存器提供内存单元的段地址 3.CS和IP是8086CPU中最关键的寄存器,它们指示了CPU当前要读取指令的地址. CS为代码段寄存器,IP为指令段寄存器 4.mov 指令不能用于设置CS.IP的值,8086CPU没有提供这样的功能. 5.8086CPU为CS.IP提供了另外的指令来改变它们的…

VB6-操作数据库

平常搞数据库操作多了就想把经常用的内容放在一起,我也懒,在一本书里的工程例子挑了一个bas,修修改改,凑合这用吧. Public strCnn As String '数据库连接字符串 Public AdoCnn As ADODB.Connection '数据库连接 Public IsConnect As Boolean '判断是否连接 Private Sub Connect() '连接数据库 On Error GoTo Err: If IsConnect = True Then '如果连接标记为…

Django使用表单操作数据库

前言目标:实现Django通过表单的GET方式和POST方式提交数据,并添加到数据库 . OS:win10 x64 Django:1.11.8 Python: 3.6 本文完整示例:完整示例: 虽然使用的系统和软件没有什么影响,但还是交代一下. 二.实现思路从用户角度考虑访问一个url,返回填写表单页面: 在表单页面填写信息,并提交: 若提交成功,返回提交成功页面,并提供返回添加页面和图书列表跳转链接: 若提交失败,则返回操作失败页面,并提供跳转继续添加链接: 从开发者角度用户请求一个u…

SqlHelper---操作数据库

public class SqlHelper { /// <summary> /// 数据库连接字符串 /// </summary> public static readonly string connectionString = ConfigurationManager.ConnectionStrings["xmgl"].ToString(); // Hashtable to store cached parameters #region /// <su…

C# 文件与二进制互转数据库写入读出

//这个方法是浏览文件对象 private void button1_Click(object sender, EventArgs e) { //用户打开文件浏览 using (OpenFileDialog dialog = new OpenFileDialog()) { //只能单选一个文件 dialog.Multiselect = false; //选择一个文件 if (dialog.ShowDialog() == DialogResult.OK) { try { //把选择的文件路径给tx…

5-MySQL-Ubuntu-操作数据库的基本操作语句

注意: (1)每一条sql语句都是以分号(;)结尾! (2)数据库的默认charset不支持中文,所以每次在创建数据库的时候要指定字符集charset=utf8; (一) 查看当前时间: select now(); 查看所有数据库: show databases; 查看数据库版本: select version(); (二) 创建一个数据库: create database 数据库名称; 删除一个数据库: drop database 数据库名称; 查看创建的数据库基本信息: show creat…

sql-DDL-操作数据库与表

1. 操作数据库:CRUD oracle应该是没有操作数据库的SQL oracl创建数据库通过数据库提供的工具来新建数据库 windows版oracle新建数据库 C(Create):创建 create database 数据库名称; --创建数据库 create database if not exists 数据库名称; --判断不存在,再创建 create database 数据库名称 character set 字符集名; --创建数据库,并指定字符集 R(Retrieve):查询 sho…

用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape

igraph语法简单,画图快速. Cytoscape专业,个性定制. 最终效果图: 当然也可以用Cytoscape来画. 参考:Network visualization with R Cytoscape http://www.360doc.com/content/17/0305/22/19913717_634279918.shtml…

使用Access作数据库

import java.sql.*; public class ConnectAccess { public static void main(String args[]){ ConnectAccess ca = new ConnectAccess(); try { ca.connectAccess(); } catch (Exception e) { e.printStackTrace(); } } public void connectAccess() throws Exception {…

Quantitative proteomics of Uukuniemi virus-host cell interactions reveals GBF1 as proviral host factor for phleboviruses（乌库涅米病毒-宿主细胞互作的定量蛋白质组学揭示了GBF1是个白蛉病毒的前病毒宿主因子）-解读人：谭亦凡

期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位:1德国海德堡大学附属医院2德国汉诺威医科大学3德国亥姆霍茲感染研究中心4德国马克斯·普朗克生化研究所5瑞典于默奥大学6葡萄牙波尔图大学7德国&柏林健康研究所 8法国里昂大学物种:人技术:非标定量蛋白质组学,免疫共沉淀,病毒化验一. 概述: 该研究使用免疫共沉淀-非标定量蛋白质组学的方法发现了高尔基转运相关蛋白GBF1与乌库涅米病毒(UUKV)的感染有关.通过…

肿瘤基因组学数据库终结者：cBioPortal---转载

转载自:http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1000479.html 随着芯片和高通量测序技术的广泛应用,在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据,特别是像The Cancer Genome Atlas(TCGA).International Cancer Genome Consortium(ICGC)等大型肿瘤基因组测序计划的启动和完成,积累了大量的基因组学数据,这些数据至今为止已经占据了NCBI等公共数据库的半壁江山,同时也产生了各种各样的数据库以…

DIP|PCN|CoevDB|PID|Y2H|RosettaDock Serve|元基因组学|微生物多样性

生命组学: 比较真核生物有关呼吸链的gene是比较核外编码基因,因为与呼吸有关的功能在线粒体上,线粒体位于核外.想要查看两种基因是否具有相互作用,可以对不同物种的编码ATP6 和ATP8的直系同源基因构建共进化树:可以绘制热图观察其区块化现象:可以计算相关系数:可以绘制箱图,进行类别之间相互比较,可看出显著性差异.以上操作都可以得到一组值或者图,为判定是否具有相互作用,可使用已知数据做同样操作,得到一个标准值.两相比较得到复合物之间相互作用. DIP(蛋白质相互作用数据库)和PCN这些已有数据库…

（转）protein 数据库

最早关注蛋白质互作网络,是在来GDMC第一年的时候,中间停了半年看互作-各种算法,网络分析停滞不前,没想到搞到最后,还是和网络碰到了一起,我总是会潜意识走近给自己第一印象不错的object,包括人.用PPI来做证据,当然要选择证据性最强的网站,先列表如下:1. DIP (database of interacting proteins) http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi 在页面点击 Search by:[protein] [sequenc…

STRING Cytoscape 网络互作图

网络图(Network)看似复杂,其实构成非常简单,网络图是一种图解模型,形状如同网络,故称网络图,由节点(node)和连线(edge)两个因素组成的.其中 node 又分为 source node(源节点)和 target node(目标节点)两个因素组成的.这里的 node 就是我们的基因,edge 就是基因间的相互作用关系.任何网络图都不外乎这些构成成分.知道了网络图的构成之后,再做图分析就很简单了. 节点(node) 所谓的节点,就是我们要分析的基因.在一个网络图当中往往有数十个乃至上百…

MGI数据库挖掘 | MGI-Mouse Genome Informatics | InWeb database

做生物信息,遗传发育,分析数据的时候总是要narrow down分析范围,高通量数据尤其是基因表达,在庞大的confounder面前,缩小分析范围是必须的,否则你会一直在混沌中游荡. 看一篇文章:2018 - Identification of genes associated with Hirschsprung disease, based on whole-genome sequence analysis, and potential effects on enteric nervous s…

网站访问量大怎样优化mysql数据库

MySQL优化的一些建议,单机MySQL的优化我分为三个部分,一是服务器物理硬件的优化,二是 MySQL安装时的编译优化,三是自身配置文件my.cnf的优化:如果单机的优化也解决不了你的数据库的压力的话,那这个时候就只有考虑采用集群架构的方法,这个我在后面也会重点说明. 单机MySQL数据库的优化一.服务器硬件对MySQL性能的影响 ①磁盘寻道能力 (磁盘I/O),我们现在上的都是SAS15000转的硬盘.MySQL每秒钟都在进行大量.复杂的查询操作,对磁盘的读写量可想而知.所以,通常认为磁…

MySQL数据库的优化（上）单机MySQL数据库的优化

MySQL数据库的优化(上)单机MySQL数据库的优化 2011-03-08 08:49 抚琴煮酒 51CTO 字号:T | T 公司网站访问量越来越大,导致MySQL的压力越来越大,让我们自然想到的对MySQL系统参数做优化.那么我们应该如何合理优化呢?笔者在下文中为大家介绍了单机MySQL数据库的优化. AD:51CTO 网+首届APP创新评选大赛火热启动——超百万资源等你拿! [51CTO独家特稿]公司网站访问量越来越大, MySQL 的压力越来越大了,第一步自然想到的是 MySQL 系统…

Oracle【IT实验室】数据库备份与恢复之三：OS备份/用户管理的备份与恢复

用户管理的备份与恢复也称 OS物理备份,是指通过数据库命令设置数据库为备份状态,然后用操作系统命令,拷贝需要备份或恢复的文件.这种备份与恢复需要用户的参与手工或自动完成. 对于使用 OS拷贝备份的数据文件,可以使用 DBVERTIFY 进行检验.DBVERTIFY是一个外部工具,主要用于校验数据文件或备份的数据文件的数据块是否正确. 例: dbv /u01/oradata/oracle/users01.dbf BLOCKSIZE=8192 参数说明: 关键字 …

Percona Xtrabackup备份mysql全库及指定数据库(完整备份与增量备份)

原文地址:http://www.tuicool.com/articles/RZRnq2 Xtrabackup简介 Percona XtraBackup是开源免费的MySQL数据库热备份软件,它能对InnoDB和XtraDB存储引擎的数据库非阻塞地备份(对于MyISAM的备份同样需要加表锁).XtraBackup支持所有的Percona Server.MySQL.MariaDB和Drizzle. XtraBackup优势 : 1.无需停止数据库进行InnoDB热备 2.增量备份MySQL 3.流…

MySQL数据库的热备份和冷备份

冷备份(off, 慢, 时间点上恢复)冷备份发生在数据库已经正常关闭的情况下,当正常关闭时会提供给我们一个完整的数据库.冷备份是将关键性文件拷贝到另外位置的一种说法.对于备份数据库信息而言,冷备份是最快和最安全的方法. 冷备份的优点: 1．是非常快速的备份方法(只需拷贝文件) 2．容易归档(简单拷贝即可) 3．容易恢复到某个时间点上(只需将文件再拷贝回去) 4．能与归档方法相结合,作数据库“最新状态”的恢复. 5．低度维护,高度安全. 冷备份的缺点: 1．单独使用时,只能提供到“某一时间点上”的…

Xtrabackup全量备份与恢复mysql数据库

一.Xtrabackup简单概述: Percona Xtrabackup是开源免费的MySQL数据库热备份软件,它能对InnoDB和XtraDB存储引擎的数据库非阻塞地备份(对于MyISAM的备份同样需要加表锁).XtraBackup支持所有的Percona Server.MySQL.MariaDB和Drizzle. XtraBackup优势 :1.无需停止数据库进行InnoDB热备2.增量备份MySQL3.流压缩到传输到其它服务器4.能比较容易地创建主从同步5.备份MySQL时不会增大服务器…

jDialects:一个从Hibernate抽取的支持70多种数据库方言的原生SQL分页工具

jDialects(https://git.oschina.net/drinkjava2/jdialects) 是一个收集了大多数已知数据库方言的Java小项目,通常可用来创建分页SQL和建表DDL语句,可根据不同的数据库方言生成不同的SQL.目前 jDialects支持75种数据库方言,包括Hibernate中没有的SQLLite和Access等.jDialects需要 Java7或以上版本支持. jDialects起初是为了jSqlBox项目而开发的,但它本身是一个独立的项目(发布包只有90…