根据拿到的表达矩阵设为exprSet 1.用scale 进行标准化 数据中心化:数据集中的各个数字减去数据集的均值 数据标准化:中心化之后的数据在除以数据集的标准差. 在R中利用scale方法来对数据进行中心化和标准化 1 scale(data, center=T, scale=F) 2 3 其中,center为T,表示数据中心化 4 5 scale为T,表示数据标准化 6 7 对一个data frame的每一列进行计算 并不是表达矩阵里面的所有基因都可以进行相关性分析,首先去除reads co…

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的  后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的…

尹师妹:“哈师兄,做验证实验好辛苦,老板让我提高筛选差异基因的条件,尽量降低假阳性,我该怎么筛?” 小哈打开Evernote,给尹师妹看张表: “瞧见那个100%了吗?30 million mapped reads的情况下,10次重复,2倍筛选条件,Statistical power100%,找出来的都是真的应答基因:只做3次重复,2倍筛选条件,可以达到87%: 如果测序深度降到15 million mapped reads,需要10次重复,才能到85%.” 尹师妹:“我的样品有30 M map…

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

首先,这个软件可以从这里下载: Remote Desktop Connection Manager 同类型的软件还有很多,我没有很多复杂功能的要求,就选择了这款微软官方的,虽然很久都没有更新过了. 为什么不用系统自带的远程桌面客户端?很简单,如果你像我一样,有20多台机器需要管理,有一个统一的软件会方便很多. 不过机器一多,原来不是问题的问题也就变成了问题,在Win7以后的操作系统,微软估计改变了安全设置,即使你选择了记住密码,下次重新打开然不断的弹出来要求验证. 为了解决这个问题:需要对组策略…

自己些项目的时候找的时候也找了一会,所以存下来下次用的时候可以直接用了. 话不多说,直接上代码 <tr> <td>密码:</td> <td><input class="easyui-validatebox easyui-textbox" id="pwd" type="password" name="userInfo.pwd" data-options="iconC…

DELETE FROM temp_fjh_2 a WHERE a.rowid!=(SELECT MAX(b.rowid) FROM temp_fjh_2 b WHERE a.a=b.a); 表名和列名换一下,执行时就会删除重复列.…

来自知乎Live-孟浩巍 1.文章重要技术及图讲解 首先在转录组RNA-seq中,有基因表达差异.基因融合.可变剪切.RNA单点突变. 在基因组中,单点变异.结构变异,CNV变异(拷贝数变异) 三类基本内容,主要是RNA-seq的分析. 从生物水平角度理解肺癌,掌握RNA-seq的建库流程 ,单细胞的建库流程和方法. 这个是通过热力图的方式,找出5种细胞中的特异性的gene marker,什么是基因标记,在某一个stage或者细胞内特异性表达的基因是基因marker. 0-15图标是取过log的…

推荐关注微信公众号:AIPuFuBio,和使用免费生物信息学资源和工具AIPuFu:http://www.aipufu.com. [Circular RNA的产生机制] Circular RNA,缩写为circRNA,中文名为环状RNA,属于非编码RNA,是近年的一个重要研究热点. CircRNA主要是通过backsplicing的方式产生,明显不同于线性RNA(linear RNA)经典的5′–3′的模式.因此,circRNA不含有线性RNA的经典结构,如5′端加帽,3′端有poly A尾巴等…