ggplot2 画图随笔

ggplot2 盒图+显著性线 compire <- list(c('1','2'),c('1','4')) ggplot(info,aes(x=cluster,y=value))+ stat_boxplot(geom = 'errorbar',width=0.2,lwd=2)+ geom_boxplot(lwd=1)+ geom_signif(comparisons = compire,test = t.test,step_increase = 0.1,map_signif_level = T…

ggplot2画图

早在N年前就听说这个包画图不错,一直没机会用,终于等到了.相比前面trendline这个包的可视化功能强大得多. ggplot2需要使用dataframe,其实就是一个N维数组, install.packages("ggplot2") library(ggplot2) ab<-data.frame(x1,y1) ggplot(data=ab,aes(x=x1,y=y1))+geom_smooth(method='lm')+geom_point() 但是要求太奇葩,背景,网格线统统…

ggplot ggplot2 画图

折线图-ggplot2 http://blog.163.com/yugao1986@126/blog/static/6922850820131161531421/http://blog.sina.com.cn/s/blog_7cffd1400101f50v.html <R Graphics Cookbook-By Winston Chang> #======================折线图library(ggplot2) #作图library(gcookbook) #案例数据lib…

ggplot2画图小试

# 注意aes(x=wt, y=mpg)中的wt不是字符"wt",因此它是属性字段名(例如,EXCel中字段名有Student,那就是Student,而不是"Student",也就是没有引号,虽然说字段的确是字符型) # demo1.r library(ggplot2) ggplot(data=mtcars, aes(x=wt, y=mpg)) + geom_point() + labs(title="Automobile Data", x=&q…

ggplot2画图时标题无法居中的问题

折腾了一天,终于好了.应该是版本的问题.在R3.2.2能居中(别问我为什么知道),在R3.3.2上就不能.解决方式如下: library(ggplot2) ggplot(data=mtcars, aes(x=wt, y=mpg)) + geom_point() + labs(title="Automobile Data", x="Weight", y="Miles Per Gallon")+ theme(plot.title = element_…

R语言：ggplot2精细化绘图——以实用商业化图表绘图为例

本文版权归http://www.cnblogs.com/weibaar 本文旨在介绍R语言中ggplot2包的一些精细化操作,主要适用于对R画图有一定了解,需要更精细化作图的人,尤其是那些刚从excel转ggplot2的各位,有比较频繁的作图需求的人.不讨论那些样式非常酷炫的图表,以实用的商业化图表为主.包括以下结构: 1.画图前的准备:自定义ggplot2格式刷 2.画图前的准备:数据塑形利器dplyr / tidyr介绍 3.常用的商业用图: 1)简单柱形图+文本(单一变量) 2)分面柱形图…

R语言 ggplot2包

R语言 ggplot2包的学习分析数据要做的第一件事情,就是观察它.对于每个变量,哪些值是最常见的?值域是大是小?是否有异常观测? ggplot2图形之基本语法: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离,数据相关的绘图与数据无关的绘图分离ggplot2是按图层作图ggplot2保有命令式作图的调整函数,使其更具灵活性ggplot2将常见的统计变换融入到了绘图中.ggplot的绘图有以下几个特点:第一,有明确的起始(以ggplot函数开始)与终止(一句语句一幅图):其二,图层之间的叠加…

R----ggplot2包介绍学习

分析数据要做的第一件事情,就是观察它.对于每个变量,哪些值是最常见的?值域是大是小?是否有异常观测? ggplot2图形之基本语法: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离,数据相关的绘图与数据无关的绘图分离ggplot2是按图层作图ggplot2保有命令式作图的调整函数,使其更具灵活性ggplot2将常见的统计变换融入到了绘图中.ggplot的绘图有以下几个特点:第一,有明确的起始(以ggplot函数开始)与终止(一句语句一幅图):其二,图层之间的叠加是靠"+"号实现的,越后面其…

在Ubuntu 12.04下编译qtiplot

不在windows下,再加上不想用盗版,所以需要一个origin的替代品——qtiplot.虽然我非常抵抗用这种不停点来点去的软件,用R的ggplot2画图多好啊,高效.优雅.漂亮,但是终抵不过老板一句“这个图你用origin画”. 有公司编译出了qtiplot的deb包,但是缺少一些功能,比如不能导出数据,这太坑爹了!好吧,我只有自己来编译.哪儿知道它有太多的依赖,并且头文件包含还不能紧跟时代. 解压源代码后复制build.conf.example为build.conf,然后在里面把库的链接改…

R----ggplot2包介绍学习--转载

https://www.cnblogs.com/nxld/p/6059603.html 分析数据要做的第一件事情,就是观察它.对于每个变量,哪些值是最常见的?值域是大是小?是否有异常观测? ggplot2图形之基本语法: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离,数据相关的绘图与数据无关的绘图分离ggplot2是按图层作图ggplot2保有命令式作图的调整函数,使其更具灵活性ggplot2将常见的统计变换融入到了绘图中.ggplot的绘图有以下几个特点:第一,有明确的起始(以ggplot函数开…

airway之workflow

1)airway简介在该workflow中,所用的数据集来自RNA-seq,气道平滑肌细胞(airway smooth muscle cells )用氟美松(糖皮质激素,抗炎药)处理.例如,哮喘患者使用糖皮质激素来减少呼吸道炎症,在该实验设计中,4种细胞类型(airway smooth muscle cell lines )用1微米地塞米松处理18个小时.每一个cell lines都有对照与处理组(a treated and an untreated sample).关于实验设计的更多信息可…

时间序列分析工具箱——tidyquant

目录时间序列分析工具箱--tidyquant tidyquant 的用途加载包 tq_get:获得数据从 Yahoo! Finance 获得股票数据从 FRED 获得经济数据使用 tq_transmute 和 tq_mutate 转换数据 tq_transmute tq_mutate 可用函数时间序列分析工具箱--tidyquant 本文翻译自<Demo Week: class(Monday) <- tidyquant> 原文链接:http://www.business-sc…

R语言学习 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）

箱线图箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布,又很漂亮的展示图.在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具.就这样都可以发两篇Nature method,没天理,但也说明了箱线图的重要意义. 下面这张图展示了Bar plot.Box plot.Volin plot和Bean plot对数据分布的反应.从Bar plot上只能看到数据标准差或标准误不同:Box plot可以看到数据分布的集中性不同:Violin…

R语言学习 - 线图绘制

线图是反映趋势变化的一种方式,其输入数据一般也是一个矩阵. 单线图假设有这么一个矩阵,第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域,第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度,想绘制一张线图展示. profile="Pos;H3K27ac -5000;8.7 -4000;8.4 -3000;8.3 -2000;7.2 -1000;3.6 0;3.6 1000;7.1 2000;8.2 3000;8.4 4000;8.5 5000;8.5" 读入数据 profile_text <…

ggplot绘图之基本语法

ggplot绘图之基本语法 2018年09月03日 22:29:56 一个人旅行*-* 阅读数 4332更多分类专栏: R语言 1.ggplot2图形之基本语法: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离,数据相关的绘图与数据无关的绘图分离.按图层作图,保有命令式作图的调整函数,使其更具灵活性,并将常见的统计变换融入到了绘图中.ggplot的绘图有以下几个特点:第一,有明确的起始(以ggplot函数开始)与终止(一句语句一幅图):其二,图层之间的叠加是靠“+”号实现的,越后面其图层越高.…

RollingRegression（滚动回归分析）之Python实现

# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Sat Aug 18 11:08:38 2018 @author: acadsoc""" import pandas as pdimport numpy as npimport matplotlibimport matplotlib.pyplot as pltfrom pyecharts import Bar, Line, Page, Overlapimport stats…

回归分析特征选择（包括Stepwise算法） python 实现

# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Sat Aug 18 16:23:17 2018 @author: acadsoc"""import scipyimport numpy as npimport pandas as pdimport matplotlibimport matplotlib.pyplot as pltfrom sklearn.ensemble import RandomForestRegres…

R语言因子排序

画图的时候,排序是个很重要的技巧,比如有时候会看下基因组每条染色体上的SNP的标记数量,这个时候直接做条形图是一种比较直观的方法,下面我们结合实际例子来看下: 在R环境下之际构建一个数据框,一列染色体名称,一列统计数据. 1 chr<-paste("chr",c(1:18,"X","Y"),sep="") 2 set.seed(2) 3 num<-runif(20,100,5000) 4 df<-data.f…

Matlab随笔之画图函数总结

原文:Matlab随笔之画图函数总结 MATLAB函数画图 MATLAB不但擅长於矩阵相关的数值运算,也适合用在各种科学目视表示(Scientific visualization).本节将介绍MATLAB基本xy平面及xyz空间的各项绘图命令,包含一维曲线及二维曲面的绘制.列印及存档. 基本XY平面绘图命令 Plot 是绘制一维曲线的基本函数,但在使用此函数之前,我们需先定义曲线上每一点的x及y座标.下例可画出一条正弦曲线: close all; %linspace(5,100,20)和5:5:…

pyhton课堂随笔-基本画图

%matplotlib inline import matplotlib as mpl import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np import pandas as pd #首先导入基本的画图包,第一句是必要的 house = pd.read_csv('./housing.csv') # 读取数据,数据文件存放在c根目录下盘可直接这样访问,如果放在文件夹里.可像平常一样加上目录名称 house.describe().loc[['min…

R语言入门--画图（一）--ggplot2

先写一些需要用到的知识点,比如包.函数 dplyr 很好用的包经常与ggplot2连用 mutate:用于对数据框的列进行重新处理,或者用处理的结果添加新列数据清洗: 1.na.omit() #去除数组当中的空值 newdata<-na.omit(olddata) ggplot: 1.在ggplot的里面添加直线: geom_hline()添加水平线 geom_viline()添加垂直线 #geom_hline(yintercept=1.3,type…

ggplot2包--R可视化

1.ggplot2发展历程 ggplot2是Hadley在爱荷华州立大学博士期间的作品,也是他博士论文的主题之一,实际上ggplot2还有个前身ggplot,但后来废弃了,某种程度上这也是Hadley写软件的特征,熟悉他的人就知道这不是他第一个“2”版本的包了(还有reshape2).带2的包和原来的包在语法上会有很大的改动,基本上不兼容.尽管如此,他的R代码风格在R社区可谓独树一帜,尤其是他的代码结构很好,可读性很高,ggplot2是R代码抽象的一个杰作.读者若感兴趣,可以在GitHub网站…

R语言画图布局摆放(layout)

require(ggplot2) require(Cairo) require(grid) p = ggplot(iris,aes(x = Species,y = Sepal.Length,colour = Species)) p+geom_point() a = p+geom_point() b = qplot(Sepal.Length,Petal.Length,data=iris,geom="point",colour = Species) c = qplot(Species,Se…

R包——ggplot2（二）

关于ggplot包(二) 关于ggplot包(二) 标尺(Scale) 从前面可以看到,画图其实就是在做映射,不管是映射到不同的几何对象上,还是映射各种图形属性.在对图形属性进行映射之后,使用标尺可以控制这些属性的显示方式,如坐标刻度,如颜色属性. > ggplot(small)+geom_point(aes(x=carat,y=price,shape=cut,colour=color))+scale_y_log10()+scale_colour_manual(values=rainbow(7)…