摘 要: 多位点序列分型(MLST)是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法,通过PCR扩增多个管家基因内部片段,测定其序列,分析菌株的变异,从而进行分型.MLST被广泛应用于病原菌.环境菌和真核生物中.与传统分子生物学分型方法相比,MLST操作简单,具有更高的分辨力,能将同种细菌分为更多的亚型,并确定不同ST型之间的系统发育关系以及与疾病的联系. 关键词: 多位点序列分型   多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法,通过

核心程序调用 Primer3_core,基本用法: primer3_core [ -format_output ] [ -default_version=1|-default_version=2 ] [ -io_version=3|-io_version=4 ] [ -p3_settings_file= ] [ -echo_settings_file ] [ -strict_tags ] [ -output= ] [ -error= ] [ input_file ]   参数简析: *-form

使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生.从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低. NCBI查找基因 1.查询目的基因:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3 备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一

一. 运行meerkat 前面已经依序安装了meerkat 的环境和meerkat,运行了预处理一步,在相对应的bam文件目录下生成了大批文件,因此,当要用meerkat处理某个bam文件时,应先将该bam文件移动到专有的一个文件夹,manual中也建议这样用. 预处理生成的文件包括: 黑名单文件.gz isinfo文件:包括插入大小信息 pdf文件:插入大小的分布图,unmapped reads长度的分布图,softclip reads长度分布图 pre.log文件:日志文件,包括输入的参数,

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的

尹师妹:“哈师兄,做验证实验好辛苦,老板让我提高筛选差异基因的条件,尽量降低假阳性,我该怎么筛?” 小哈打开Evernote,给尹师妹看张表: “瞧见那个100%了吗?30 million mapped reads的情况下,10次重复,2倍筛选条件,Statistical power100%,找出来的都是真的应答基因:只做3次重复,2倍筛选条件,可以达到87%: 如果测序深度降到15 million mapped reads,需要10次重复,才能到85%.” 尹师妹:“我的样品有30 M map

CIRI 根据circRNA 连接点处的reads来识别circRNA, 在连接点处的reads 其比对情况非常特殊: CIRI 根据3种模型来识别circRNA, 连接点处的read 叫做junction read A) circRNA 由3个外显子环化形成, 由于测序读长的限制,junction read 只覆盖了起始外显子和终止外显子的部分序列,这两部分reads的比对位置在基因组上的位置是相反的, B) circRNA 由3个外显子环化形成, 由于连接点处的一个外显子其长度太短,junc

转载:http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420124131096557/ MISA工具提供批量识别和定位简单重复序列(SSR),EST序列或是基因组序列都可以.另外,还提供一个与批量设计引物Primer3的接口工具,通过这个工具,可以把MISA识别出来的SSR,转为Primer3需要的格式,从而方便批量设计引物. 网址:http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/ 下面分别介绍一下几个工具(.pl是per

生物的东西必须要主动去了解,否则视野容易受到限制,尤其是分子生物学的核心技术. PCR - 聚合酶链式反应 The Complete Guide to PCR (How it Works, Primer Design, and Running Reactions) - YouTube 目的:从DNA双链中扩增出感兴趣的区段,用于后续的研究. 原理:DNA结构,双螺旋,AT.GC配对:DNA双链在临界温度会解链,退火后又会恢复:引物,DNA复制的起点,之所以需要引物是因为在DNA合成中DNA聚合酶

一.准备工作 meerkat 0.189版本和以前的版本相比,支持bwa mem 输出的bam文件,还支持全外显子数据count SV. meerkat原理 1.1 需要准备的软件 unix/Linux系统(自带) CMake(自带) PERL 5.8.1及以上(自带) BioPERL 1.5.0及以上(自行安装) R 2.3.1及以上(自带) samtools 0.1.5到0.1.19(不支持新版本samtools) BWA 0.6.2.(已经可以支持新版本的BWA,但是 split read

老板推荐了一个专门用来做基因表达定量(qPCR)的引物数据库,还蛮好用的,都是别人实验验证过的,感觉比自己设计的更靠谱一下,附上链接:https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

阅读目录 前言 场景1的思考 场景2的思考 避坑方式 实践 结语 一.前言 在上一篇中(如何一步一步用DDD设计一个电商网站(八)—— 会员价的集成),有一行注释的代码: public interface IRoleDiscountRelationRepository// : IRepository<RoleDiscountRelation> { RoleDiscountRelation Get(string roleId); } 其中涉及的到问题是关于值对象的持久化问题.是的,由于我们之前的

阅读目录 前言 建模 实现 结语 一.前言 前面几篇已经实现了一个基本的购买+售价计算的过程,这次再让售价丰满一些,增加一个会员价的概念.会员价在现在的主流电商中,是一个不大常见的模式,其带来的问题是: 1.加大了运营的复杂度,会员价如何与促销结合,比如应在折前运用还是折后运用等. 2.如果是折前那么需要考虑满减类型促销的金额满足点门槛反而相对来说是提高了. 3.如果是折后那么享受了多重优惠,成本控制的时候需要考虑进去. 在我们这个练手的Demo中暂时决定让会员价在折后运用,并且仅在不满足满减促

本文写于圣诞节北京下午慵懒的午后.本文偏技术向,不过应该大部分人能看懂. 五年之痒 2016年,能记入个人年终总结的事情没几件,其中一个便是开源了Hawk.我花不少时间优化和推广它,得到的评价还算比较正面,因为负面评价也没什么渠道进我耳朵. 不过你知道我写这个东西花了多久吗? 掐头去尾,这是第五个年头了. 读研究生伊始,实验室开始做数据挖掘,但我发现大家做研究,都是一段段的代码,遇到新问题,就不得不再拷贝一份修改,很少想过复用.于是我便花了一年的时间,开发了一款现在看起来配色丧心病狂的"数据挖掘

 阅读目录 前言 回顾 梳理 实现 结语 一.前言 之前的文章中已经涉及到了购买商品加入购物车,购物车内购物项的金额计算等功能.本篇准备把剩下的购物车的基本概念一次处理完. 二.回顾 在动手之前我对之前的购买上下文内对象做了一次回顾.先梳理一下已经在上下文内出现的领域对象,如图1所示: [图1] 在梳理的过程中,我把原来Cart.AddCartItem(string productId, int quantity, decimal price)重构为了Cart.AddCartItem(Produ

一.前言     DDD(领域驱动设计)的一些介绍网上资料很多,这里就不继续描述了.自己使用领域驱动设计摸滚打爬也有2年多的时间,出于对知识的总结和分享,也是对自我理解的一个公开检验,介于博客园这个平台也算是对DDD的推广尽了一份绵薄之力.一开始接触这个东西是在2014年,真的觉得像是发现了一片新大陆一般,对我整个程序开发视野有了新的理解,但是像[Vaughn Vernon]<实现领域驱动设计>里写的那样,景色虽好,可是自己很长一段时间内很混乱,理不清眼前的陌生世界,因为它与传统的观念完全不同

阅读目录 前言 明确业务细节 建模 实现 结语 一.前言 上一篇我们已经确立的购买上下文和销售上下文的交互方式,传送门在此:http://www.cnblogs.com/Zachary-Fan/p/DDD_6.html,本篇我们来实现售价上下文的具体细节. 二.明确业务细节 电商市场越来越成熟,竞争也越来越激烈,影响客户流量的关键因素之一就是价格,运营的主要打法之一也是价格,所以是商品价格是一个在电商中很重要的一环.正因为如此也让促销演变的越来越复杂,那么如何在编码上花点心思来尽可能的降低业务的

阅读目录 前言 如何在一个项目中实现多个上下文的业务 售价上下文与购买上下文的集成 结语 一.前言 前几篇已经实现了一个最简单的购买过程,这次开始往这个过程中增加一些东西.比如促销.会员价等,在我们的第一篇文章(如何一步一步用DDD设计一个电商网站(一)—— 先理解核心概念)中规划的上下文映射图可以看到,这些都属于一个独立的上下文(售价上下文). 二.如何在一个项目中实现多个上下文的业务 一般情况下,为了更好的分而治之,把不同的上下文作为单独的service,然后通过rpc框架(如WCF)来对其

阅读目录 前言 单元测试 纠正错误,重新出发 结语 一.前言 实际编码已经写了2篇了,在这过程中非常感谢有听到观点不同的声音,借着这个契机,今天这篇就把大家提出的建议一个个的过一遍,重新整理,重新出发,为了让接下去的DDD之路走的更好. 二.单元测试 蟋蟀兄在我的第三篇文章下面指出: 这点其实是我偷懒了,单元测试其实不单单在DDD中是一个很重要的一环,在我们崇尚敏捷,快速迭代的大背景下,有良好的单元测试模块可以保证快速迭代下的项目质量.有甚至可以使用测试先行的TDD模式. 单元测试的好处我就不多

阅读目录 前言 怎么卖 领域服务的使用 回到现实 结语 一.前言 上篇中我们讲述了“把商品卖给用户”中的商品和用户的初步设计.现在把剩余的“卖”这个动作给做了.这里提醒一下,正常情况下,我们的每一步业务设计都需要和领域专家进行沟通,尽可能的符合通用语言的表述.这里的领域专家包括但不限于当前开发团队中对这块业务最了解的开发人员.系统实际的使用人等. 二.怎么卖 如果在没有结合当前上下文的情况下,用通用语言来表述,我们很容易把代码写成下面的这个样子(其中DomainRegistry只是一个简单的工厂