一.circRNA序列提取 环状RNA (circRNA)是一类不具有 5' 末端帽子和 3' 末端 poly(A)尾巴.并以共价键形成环形结构的非编码 RNA 分子. 环状RNA (circRNA) 是区别于传统线性 RNA 的一类新型 RNA,大量存在于真核转录组中且表达具有时空特异性.在调控基因转录.作为疾病诊断marker等方面具有重要的研究和临床意义. 在预测circRNA时,都是检测breakpoint 处的reads 数,最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:10699

推荐关注微信公众号:AIPuFuBio,和使用免费生物信息学资源和工具AIPuFu:http://www.aipufu.com. [Circular RNA的产生机制] Circular RNA,缩写为circRNA,中文名为环状RNA,属于非编码RNA,是近年的一个重要研究热点. CircRNA主要是通过backsplicing的方式产生,明显不同于线性RNA(linear RNA)经典的5′–3′的模式.因此,circRNA不含有线性RNA的经典结构,如5′端加帽,3′端有poly A尾巴等

find_circ 通过识别junction reads 来预测circRNA 和参考基因组比对完之后,首先剔除和基因组完全比对的reads,保留没比对上的reads, 这部分reads 直接比是比对不上基因组的,因为其来自不同的外显子区域,直接比对的话不允许这么大片段的缺失,那么如何区分剪切的spliced read 和 来自环状RNA的junction read呢,从上面的示意图我们可以直接看出,spliced read 的两部分比对在基因组上的前后位置和转录本中的位置保持一致,而来自cir

CIRI 根据circRNA 连接点处的reads来识别circRNA, 在连接点处的reads 其比对情况非常特殊: CIRI 根据3种模型来识别circRNA, 连接点处的read 叫做junction read A) circRNA 由3个外显子环化形成, 由于测序读长的限制,junction read 只覆盖了起始外显子和终止外显子的部分序列,这两部分reads的比对位置在基因组上的位置是相反的, B) circRNA 由3个外显子环化形成, 由于连接点处的一个外显子其长度太短,junc

在预测circRNA时,都是检测breakpoint 处的reads 数,最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:106994222-107183708 这样的形式,给出了起始和终止位置: 对于某一个基因来说,其可能产生的circRNA的类型是多样的,以下图为例进行说明 1) 由单个外显子组成的环状RNA, 比如 2)有多个外显子组成的环状RNA, 比如 以上的两种circRNA在序列提取时都非常容易,只需要将circRNA的起始和终止位置能够和某些外显子正好对应上,那么就可以确定其序

本文主要介绍在线教育这个行业,文章最早发表在我们的微信公众号上,支持原创,详见这里, 欢迎关注微信公众号blackerteam,更多详见www.rtc.help 在昨天的Google I/O大会上Google展示了她的一对一视频通话APP —— Duo,让很多人兴奋,这两天我一直在想另一个问题:从技术角度看这个Duo根本算不上什么黑科技,类似功能咱们的qq和微信早就实现了,为什么Google还要在这么重要的场合来展示她呢? 仔细想了想可能是基于以下几个原因吧! 1.说明他对社交领域的重视,随着移

外显子测序时带有adapt接头,因此我们需要去除adapt接头,cutadapt的作用是去除adapt接头,一般用到如下命令: cutadapt -a AACCGGTT -o output.fastq input.fastq "-a"参数表明后面跟着的"AACCGGTT"是我们想要去除的adapt接头,如果你的外显子接头为其他序列,请将"AACCGGTT"改为你想去除的adapt接头: "-o"参数后面跟着的是输出文件&quo

启动子 http://baike.baidu.com/link?url=HMqaMY4mXusH--4hMu1p6P_XUzEve9lZhFGtxScnbb8Z9HaLYJ981eWxAuZt2iAP   启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性. 起始时间和表达的程度.启动子(Promoters)就像“开关”,决定基因的活动.既然基因是成序列的核苷酸(nucleotides),那么启动子也应由DNA组成.启动子本身并不控制

柳叶刀发表的文献解读:Whole-exome sequencing in the evaluation of fetal structural anomalies: a prospective cohort study 背景介绍 随着超声波在产科护理中的应用,胎儿结构异常的鉴别已成为例行公事.当发现异常时,进一步评估核型.全染色体非整倍体与染色体微阵列(CMA)上较小的微缺失和复制(CNV),则是非常的重要.目前研究发现,大约32%结构异常胎儿具有临床相关的异常核型,6%的结构异常胎儿能找到致病

趁着周末,大好的日子,总结了一下外显子分析的思路(套路)

假设想要计算ATP1A4基因上的外显子碱基覆盖度 首先查询这个基因所有exon的起始和终止位置,查询链接:http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000132681;r=1:160121360-160156767;t=ENST00000368081 如下图所示,可以看到该基因有6个转录本,假定选择第二个转录本ENST00000470705.1,点击进去,显示该转录本有5个外显子 具体外显子的详

外显子后续分析研究思路一般有以下几种(Methods for follow-up research of exome analysis): 1.对突变频率.突变类型.突变方式进行统计分析 Mutations statistical analysis 具体见下图: 参考文献:Di, Jiabo, et al. "Whole exome sequencing reveals intertumor heterogeneity and distinct genetic origins of sporad

最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605”这个错误. 源代码是这样的: java -jar picard.jar ReorderSam \ I=original.bam \ O=reor

circRNA 最初研究的很少,只有很小一部分基因有检测到circRNA, 当时都认为是剪切错误形成的,对于其功能也没人去研究:学者对人类的成纤维细胞进行转录组测序,构建去核糖体文库, 同时采用了RNase酶消化线性RNA 和 不消化线性RNA的两种文库,同时检测circRNA , 最终检测到了25000 多种circRNA ,这些circRNA 来源于exon 区, 叫做 ecircRNA, 保守估计,有14%的基因都产生了circRNA. 利用同样的方法,在小鼠睾丸组织中,鉴定到了69种和人

circRNA 是一类动物体内的内源性的RNA,尽管circRNA的种类丰富,但是其在神经系统中的 功能,并不清楚.科学家通过对人和小鼠的不同脑部组织的RNA 测序,发现了上千种circRNA,经过分析发现,circRNA 在哺乳动物的脑部组织中大量富集,在序列上有一定的保守性,大部分的circRNA 在人和小鼠中同时表达:通过敲低RNA编辑酶ADAR1,发现ADAR1 的表达与circRNA 呈现负相关的关系: 参考资料: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

原文地址:http://www.storagereview.com/fusionio_iodrive_duo_enterprise_pcie_review As part of StorageReview's continued advancements in both testing protocol and enterprise lab development, we're taking a renewed look at first generation flash drives that

环状RNA(circRNA)研究技术手册.doc.pdf (转自:汉恒生物)

circpedia 中收录了利用circexplorer 软件识别到的circRNA, 覆盖了人,小鼠,鸟类,昆虫多个物种的多种细胞系的数据 官网链接如下: http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/about 对于circRNA的来源基因(通常又叫做parent 基因) 来说,其可能产生的circRNA的类型是很多的,来源于同一个parent 基因的circRNA 叫做可变剪切的isoforms 利用数据库的搜索功能,查找在染色体的某一段上存在的circR

2016国自然新秀CircRNA的研究策略和分析  

背景:c-MET是肝细胞生长因子的酪氨酸激酶受体.MET 14号外显子编码部分c-MET的胞内跨膜结构域,包括重要的调节原件,比如酪氨酸1003,一个降解c-MET的相关酶的结合位点. 拥有MET 14号外显子跳跃突变的个体,可能出现c-MET活性增强,表达量增强. 目的:拥有MET 14号外显子及其内含子侧翼突变的非小细胞肺癌患者可能对c-Met抑制剂有应答.本文中探索了拥有MET 14号外显子突变的患者的临床特征,病理特征,基因特征. 从NGS数据,蛋白表达,转录本表达层面说明拥有met 1