ENTREZ_GENE_ID转换gene

2024-10-22

基因id转换

DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene List就ok了 4 选择你要转换的ID类型,这里我选的ENTREZ_GENE_ID 5 然后选择提交就ok了 bioDBnet 1 输入文件ID类型 2 输出ID类型,这里的Gene ID就是指ENTREZ GENE ID 3 输入ID列表,点击

常用Gene ID转换工具--转载

在自己的研究工作中,经常会遇到一些需要对Gene ID进行转换的情况.目前存在着大量的生物信息数据库,每个数据库都有自己定义的ID命名规则,转换起来实在是一个很大的工作.举个例子,之前构建的Human PPI network, 共选用相关数据库有6个,其中对于蛋白的命名相关的形式多达近10中,耗费了一个多月的时间才完成此ID归一化的过程.当然这个过程中是借助相关的Gene ID Coversion Tools.下面就对生物信息中用到的IDs Conversion的相关工具进行列举:1. DAVI

KEGG and Gene Ontology Mapping in Bioinformatic Method

使用KOBAS进行KEGG pathway和Gene Ontology分析 Article from Blog of Alfred-Feng http://blog.sina.com.cn/u/1706691033 现在使用在线的通路注释,一般使用DAVID.KOBAS等工具.不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号.下面举例操作一遍. 1 在gprofiler网站进行基因ID转换. 进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”,选择g:

GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录

NCBI之gene系列

1.基因系列中的data索引 2.基因ID之间的转换对于生信,依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,况且开发者水平也参差不齐,理解原理才能让你来去自如. 今天主要记录几个ID转换的方式: 以果蝇为例详细的了解阅读下面:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README 1.从NCBI下载基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Inverte

org.Hs.eg.db包简介(转换NCBI、ensemble等数据库中基因ID，symbol等之间的转换)

1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

Atitit.pdf 预览转换html attilax总结

Atitit.pdf 预览转换html attilax总结 1. Swf flash还是html1 2. pdf2htmlEX1 3. iText 5.5.0 发布,Java 的 PDF 操作类库1 4. PdfBox1 5. other2 5.1. ICEpdf2 5.2. xpdf用过2 5.3. PDFjet是一个用于动态生成PDF文档的Java类库2 1. Swf flash还是html 实现doc,ppt,txt等格式文件向可以在flexPaper中预览的翻页动画swf的格式转换,一

geneid/genesymbol/ensemblid等之间的转换

在基因注释时,难免碰到各种GENE在不同数据库之间的ID转换(例如,Ensembl ID 转Entrez ID,或者Entrez ID与GENE Symbol之间的转换).这里介绍一下常用的三个在线网站, DAVID.bioDBnet.Ensembl Biomart, DAVID访问太慢,Ensembl Biomart参数配置太麻烦,推荐使用bioDBnet. bioDBnet RESET API bioDBnet除支持web在线转换外,还提供了RESET API接口,允许程序语言(python

根据motif binding来确定target gene | HOMER | FIMO | MEME

主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - 现在最新版要收费了 motif格式问题我关注的这个motif (ENCSR000ARI) 是Ezh2的,并没有被收录在常规的TF数据库里,所以Homer里面没有. dbcorrdb这个数据库里有,但是很老的JASPAR格式,可以转成meme格式.[dbcorrdb__EZH2__ENCSR000A

javascript中的Array对象 —— 数组的合并、转换、迭代、排序、堆栈

Array 是javascript中经常用到的数据类型.javascript 的数组其他语言中数组的最大的区别是其每个数组项都可以保存任何类型的数据.本文主要讨论javascript中数组的声明.转换.排序.合并.迭代等等基本操作. 原文:http://www.cnblogs.com/kelsen/p/4850274.html 创建数组和数组检测 1.使用Array构造函数创建数组. //创建一个空数组 var cars = new Array(); //创建一个指定长度的数组 var car

opencv中Mat与IplImage,CVMat类型之间转换

opencv中对图像的处理是最基本的操作,一般的图像类型为IplImage类型,但是当我们对图像进行处理的时候,多数都是对像素矩阵进行处理,所以这三个类型之间的转换会对我们的工作带来便利. Mat类型较CvMat和IplImage有更强的矩阵运算能力,支持常见的矩阵运算(参照Matlab中的各种矩阵运算),所以将IplImage类型和CvMat类型转换为Mat类型更易于数据处理. Mat类型可用于直接存储图像信息,通过函数imread.imwrite.imshow等实现(与Matlab中的函数相

ASP.NET_各个币种之间的汇率转换（实时）使用Yahoo汇率。

近期开发支付平台的时候有运用到各国的实时汇率之间的转换问题,于是在往上找了很多相关资料,以下就是一些参考网址: 1.提供API接口的网站:https://www.showapi.com:这个网站有提供API的接口,本人换算了下与中国人民银行的汇算率相差不大.1万的换算率相差几块钱.(例:CNY(人民币)-->AUD(澳币)): 该网站提供的汇率换算结果是:1万人民币=1987.5579澳元: 中国人民银行换算结果是:1万人民币=1980.0100澳元: (这个换算率是比较准确的,我是比较强烈的推

Taurus.MVC 2.2 开源发布：WebAPI 功能增强（请求跨域及Json转换）

背景: 1:有用户反馈了关于跨域请求的问题. 2:有用户反馈了参数获取的问题. 3:JsonHelper的增强. 在综合上面的条件下,有了2.2版本的更新,也因此写了此文. 开源地址: https://github.com/cyq1162/taurus.mvc 下面对增强的功能进行介绍: 1:跨域请求除了常规的的JsonP跨域,Html5开始支持增强跨域,则变得更为方便,只需要服务端请求头输出: if (context.Request.UrlReferrer != null && con

XStream将java对象转换为xml时，对象字段中的下划线“_”，转换后变成了两个的解决办法

在前几天的一个项目中,由于数据库字段的命名原因其中有两项:一项叫做"市场价格"一项叫做"商店价格" 为了便于区分,遂分别将其命名为market_price和shop_price.对应的实体类命名于此相似.可是在后台使用Xstream将数据读出转换为对xml对象时,前台使用Extjs的ajax请求,所有其他的属性在前台都可以被解析,唯独此二者不可解析,仔细检查了一遍也没有发现是什么原因.后来将生产的xml文件粘贴到NotePad 放大后才发现原有得

Android中手机录屏并转换GIF的两种方式

之前在博文中为了更好的给大家演示APP的实现效果,本人了解学习了几种给手机录屏的方法,今天就给大家介绍两种我个人用的比较舒服的两种方法: (1)配置adb环境后,使用cmd命令将手机界面操作演示存为视频文件 (2)使用Google浏览器(Google Chrome)提供的扩展程序Vysor将手机界面演示在电脑上(几乎没有延时) 下面我们具体介绍两种方法的使用步骤: 一.使用cmd命令录屏 (1)SDK下载网上有各种SDK下载的方法,个人认为安装AndroidStudio后连接自己的手机,根据手

React的使用与JSX的转换

前置技能:Chrome浏览器一.拿糖:React的使用 React v0.14 RC 发布,主要更新项目: 两个包: React 和 React DOM DOM node refs 无状态的功能组件弃用 react-tools 编译器优化吃糖:开门见山,上代码. <!DOCTYPE html> <html> <head> <title>zqz_JSX_demo</title> <script type="text/j

WebForm获取GET或者POST参数到实体的转换，ADO.NET数据集自动转换实体

最近在修改维护以前的webform项目(维护别人开发的.....)整个aspx没有用到任何的控件,这个我也比较喜欢不用控件所以在提交信息的时候需要自己手动的去Request.QueryString[]或者Request.Form[]去获取,转型,判定等等觉得这样子的代码写多了不甚其烦,就在想能不能自动获取,解析这些参数成我需要的数据实体呢,当然是可以的这里我用反射根据参数的Key与实体的PropertyName进行对比,类型转换赋值给实体 public static T NameValues2E

DataTable 转换成 Json的3种方法

在web开发中,我们可能会有这样的需求,为了便于前台的JS的处理,我们需要将查询出的数据源格式比如:List<T>.DataTable转换为Json格式.特别在使用Extjs框架的时候,Ajax异步请求的数据格式就是Json.鉴于此,我今天来分享将DataTable 转换成 Json的3种方法.换句话说如何在ASP.NET将一个DataTable序列化为 Json数组.或者如何从一个DataTable返回一个Json字符串.这篇文章将采用StringBuilder,JavaScriptSeri

Oracle学习之路-- 案例分析实现行列转换的几种方式

注:本文使用的数据库表为oracle自带scott用户下的emp,dept等表结构. 通过一个例子来说明行列转换: 需求:查询每个部门中各个职位的总工资按我们最原始的思路可能会这么写: 这种结果虽然也能满足要求,但是极难阅读,我们使用oracle中的decode()函数进行改写: 这样的话就实现了需求要求的功能,其实这就是一种行列转换的方式,这是通过decode()函数实现的,是oracle独有的一个函数,如果使用通用的sql语句,那么该如何实现上面的查询结果呢?当然我们可以通过嵌

微信小程序中利用时间选择器和js无计算实现定时器（将字符串或秒数转换成倒计时）

转载注明出处改成了一个单独的js文件,并修改代码增加了通用性,点击这里查看今天写小程序,有一个需求就是用户选择时间,然后我这边就要开始倒计时. 因为小程序的限制,所以直接选用时间选择器作为选择定时器的小时和分钟.唯一的缺点就是不能选择秒. 一开始的想法是选择的到一个字符串以后,截取字符串转换成数字然后和以前一样不停的计算.什么计算秒数,换算成分数啊之类的想想虽然不难但还是太麻烦了.就想有没有简单易懂的实现方法. 首先想到的就是js中的Date() 因为这个函数可以传字符串获取毫秒数,传毫秒

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