Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm

项目完成后npm run build会生成dist文件,此时直接将dist文件发布到线上即可,若想本地打开dist/index.html可看,一般页面为空,或者报错找不到css和js文件,则需要更改一些路径参数,改成相对当前目录,然后再次运行npm run build 就可以在本地打开index.html啦: 1.修改config/index.js文件的assetsPublicPath: '/';===>assetsPublicPath: './'; 1.build/webpack.base.c

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

首先说明,我的Apache安装路径是F:\software installing\Apache2.2 解释一下,localhost默认打开的是安装路径下index.html 也就是路径F:\software installing\Apache2.2\htdocs下的index.html 我想更改至:F:\wanan(即F盘下wanan文件夹下的index.html) 1.首先打开Apache的安装路径,如F:\software installing\Apache2.2(不知道安装路径在哪里那就不

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

Unity3D研究院编辑器之打开unity不可识别的文件(十三) 雨松MOMO [Unity3D拓展编辑器] 围观8597次 9 条评论 编辑日期:2017-03-02 字体:大 中 小   有些特殊后缀名的文件在unity里是不可识别的.如下图所示,这里我把文本的后缀改成了*.xx 这样unity就不认识了.那么双击就没反应了,我想做的就是在双击此类文件的时候指定一个应用程序打开它. 代码中我指定了用sublime来打开后缀是.xx的文件.     1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1

今天vim出现:“gvim e303 无法打开 “[未命名]“的交换文件,恢复将不可能” 解决办法: 修改你的.vimrc,增加下面的一行: set directory=.,$TEMP "默认为directory=.,c:\tmp,c:\temp

文件关联损坏常常是计算机病毒造成的,目前网络上有很多相关修复工具,相对来说,System Repair Engineer 支持的修复格式是比较齐全的,这个工具可以在http://www.kztechs.com/sreng/download.html 免费下载到.如果你需要修复的是EXE文件关联,需要将System Repair Engineer的可执行文件改名为SREng.com ,否则你无法启动System Repair Engineer.打开"我的电脑",工具/文件夹选项/文件类型

VI打开和编辑多个文件的命令 可分两种情况: 1.在同一窗口中打开多个文件: vi file1 file2 file3:n  切换到下一个文件 (n=next):N  切换到上一个文件 2.在不同窗口中打开多个文件: 如果已经打开一个了一个文件, 则在vi的命令输入状态下输入 :sp 另外一个文件的路径及文件名, 如此就可以在一个窗口打开多个文件了. 或者用 vi -o file1 file2 file3....用分割屏幕窗口方式同时打开多个文件. 可以使用 ctrl + 两次按 w 或者ctr

打开FTP服务器上的文件夹时发生错误,请检查是否有权限访问 在win98,winme,win2000,win2003下都能正常上传文件夹,但在winxp+sp2下同样的文件夹就可能出现问题 1. 打开IE的菜单"工具"->"Internet 选项"; 2. 点击“高级”标签卡; 3. 将“浏览”节点下的“使用被动FTP(为防火墙和DSL调制解调器兼容性)”前面的勾去掉. 使用ftp软件flashFxp来上传得使用方法. 1. 首先打开软件 打开“选项”---“

最近要开始准备毕业设计了,学习熟悉了一些UML用例图.类图之类的,开始准备用自家PC电脑画图的时候发现Rational Ross没安装. 本以为简单,却碰上bin文件.琢磨好久,终于把Ross安上了.下面讲讲期间遇到的问题及解决方法. 注:Rational Ross 以下简称Ross 1.下载Ross 网上一堆Ross安装包,有2003版本和2007版本两种,听说win7不兼容2003版本(不知道是真是假),总之我下了个2007版的Ross 打开链接:http://pan.baidu.com/s

在windows系统下,经常会遇到这样的问题:点击VC++6.0 的[文件]下的[打开]无法操作,并且无法向工程添加文件,下面详细介绍一下解决方案? 工具/原料 VC++6.0 修复工具:FileTool.exe 方法/步骤 1 下载FileTool.压缩包后,解压得到FileTool.exe,双击FileTool.exe文件再次解压,指定解压路径E:\filetool\,解压后到目录E:\filetool\下有个文件:FileTool.dsw文件. 2 打开VC++6.0,点击[文件],[打开

问题:在完成课后习题的时候,使用fopen()函数以"a+"方式打开一个不存在的文件时,写入.读取出现错误: //添加用户输入单词后,在单词头加入编号,确保编号跟着前面的开始排序 #include "stdio.h" #include "stdlib.h" #define MAX 40 int main(void){ FILE *fp; char words[MAX]; , temp; if((fp = fopen("words.txt

  测序产生的bam文件,有一些reads在cigar值里显示存在softclip,有一些存在hardclip,究竟softclip和hardclip是怎么判断出来的,还有是怎么标记duplicate的reads的,我怀着这些问题进行了探究. 测试步骤 编辑两个bed文件,分别含有我们需要的read1和read2位置,这里每个文件包含两条read1或者两条read2,read1.read2一对作为原始的reads(序列名primer_pri),另一对作为截取的材料(这里取序列名为other) 使

  有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库.htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools.bcftools的核心库. #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <htslib/sam.h> using namespace

大概分为以下7个步骤,具体如下: 1.在你的eclipse下新建一个与你想要打开的源代码项目同名的一个项目(我这举例叫myweb). 2.在电脑磁盘中找到刚刚新建的项目,把它生成的.project文件拷贝到你的源代码项目中,若是源代码里面没有.classpath也一并拷贝过去. 3.此时eclipse就能打开你的源代码项目了. 4.打开eclipse,点击File,点击Import,进入导入项目界面. 5.在打开的导入项目界面,找到General,双击Existing Projects into

  登录|注册       咖啡如同生活的专栏 从不羡慕别人的优秀,因为相信自己也可以优秀. 闲下来时看看书,书本里的故事,总有你学到的人生.       目录视图 摘要视图 订阅 异步赠书:9月重磅新书升级,本本经典           程序员9月书讯      每周荐书:ES6.虚拟现实.物联网(评论送书) YII2.0配置index.php入口文件至根目录 标签: YII2.0yii 2015-10-12 09:53 4060人阅读 评论(1) 收藏 举报  分类: YII2(7)  版权

1 vi & vim 有两种工作模式: (1)命令模式:接受.执行 vi & vim 操作命令的模式,打开文件后的默认模式: (2)编辑模式:对打开的文件内容进行 增.删.改 操作模式: 2 创建.打开文件:$ vi [filename] (1)使用 vi 加文件路径(或文件名)的模式打开文件,如果文件存在则打开现有文件,如果文件不存在则新建文件,并在终端最下面一行显示打开的是一个新文件. (2)键盘输入字母 "i" 或 "insert" 键进入最常

         Python : 3.7.0          OS : Ubuntu 18.04.1 LTS         IDE : PyCharm 2018.2.4       Conda : 4.5.11    typesetting : Markdown   code """ @Author : 行初心 @Date : 18-9-23 @Blog : www.cnblogs.com/xingchuxin @Gitee : gitee.com/zhichengji

http://www.05112.org/school/xtrm/linux/2013/0625/4280.htmlVI打开和编辑多个文件的命令 可分两种情况: 1.在同一窗口中打开多个文件:   vi file1 file2 file3 :n  切换到下一个文件 (n=next) :N  切换到上一个文件   2.在不同窗口中打开多个文件:   如果已经打开一个了一个文件, 则在vi的命令输入状态下输入 :sp 另外一个文件的路径及文件名, 如此就可以在一个窗口打开多个文件了. 或者用 vi