TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RNA-seq 本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权.查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈  来源:嘉因 在RNA测序分析,哪家公司适合我一文中,聊过类似的问题. 这次小哈搬来了statQuest的3个最新视频,https://statquest.org/vid

StringTie 参考链接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html 参数简介 StringTie的基本用法: stringtie <aligned_reads.bam> [options]* 其中,aligned_reads.bam 是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序, HISA

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is

转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装,当然也可用于转录本的定量.前者于2016年的 protocol上发表的转录组流程HISAT, StringTie and Ballgown后被广泛使用,后者则是老牌的RNA分析软件了.在算法上来说Stringtie使用的是流神经网络算法,Cufflinks则是吝啬算法:

在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说明真的很费解,其实可以理解为“Reads Per Kilobase Per Million Reads”​,即“每一百万条Reads中,对基因的每1000个Base而言,比对到该1000个base的Reads数”,计算公式. FPKM:Fragments per Kilobase Million,F

转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化(normalization)是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度. 很容易理解,一个基因越长,测序深度越高,落在其内部的read counts数目就会相对越多. 当我们进行基因差异表达的分析时,往往是在多个样

对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq   虽然一直在接触FPKM/RPKM以及TPM,但是仅仅是知道它们是转录本定量的值,并未究其根本.最近看了几篇文献,对其深层次的含义有了进一步的理解,因而在这里记录下来. 首先来看FPKM/RPKM的起源: 在RNA-Seq中,最简单的定量基因表达量(gene expression)的方法就是将RN

RPKM:Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数 FPKM:Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM TPM: RSEM TCGA数据库中的RNA-seq数据

/*设置TPM命令格式*/ ssize_t tpm_getcap(struct device *dev, __be32 subcap_id, cap_t *cap, const char *desc) { struct tpm_cmd_t tpm_cmd; int rc; struct tpm_chip *chip = dev_get_drvdata(dev); tpm_cmd.header.in = tpm_getcap_header; if (subcap_id == CAP_VERSION

使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时,当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平. This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene. CollapseFPKM This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene Problem/Issue: In the cufflinks output

http://bbs.pediy.com/showthread.php?t=202638 http://www.zhihu.com/topic/19671262/newest 2015年3月18日,微软宣布与腾讯.360等国内几家知名互联网企业达成战略合 作,可通过其旗下产品直接将现在的盗版或正版XP.Win7.Win8.x等系统一键升级到最新的正版Win10,2015年7月29日就将发布并开启下 载该操作系统的桌面正式版本.实际上,升级后的Win10操作系统采用的可信计算模块(Trusted 

揭秘TPM安全芯片技术及加密应用 首发:http://safe.it168.com/a2012/0912/1396/000001396884.shtml 从2003年开始,重要数据丢失已经成为严重的信息安全问题.尽管企业.机构和个人均不同程度地部署了保密措施,但泄密案例还是层出不穷.从近年来国内外公开发布的失泄密案件资料中,我们选择了以下几个经典案例. 2010年阿桑奇和他的"维基解密"几乎成为所有政府和企业的梦魇.各种"爆料"犹如一个个重磅炸弹,以致于整个世界引起

取数游戏(TPM) 难度级别:D: 运行时间限制:1000ms: 运行空间限制:51200KB: 代码长度限制:2000000B 试题描述 给你一个n*n的格子的棋盘,每个格子里面有一个非负数.从中取出若干个数,使得任意的两个数所在的格子没有公共边,就是说所取的数所在的2个格子不能有公共边,并且取出的数的和最大.(二分图匹配练习) 输入 第一行是一个正整数n (n<20).接下来是 n*n 个非负数. 输出 输出可能取得的最大的和. 输入示例 35 9 48 3 62 7 1 输出示例 30 其

可信计算平台模块TPM 2.0的相关标准和技术准则由 TCG ( Trust Computing Group )于2011年前后提出,至今已经过了多次修改.该标准无疑将成为下一代可信计算平台模块的业界规范,各大硬件厂商正着手根据标准研发新一代TPM芯片,Windows 8也增加了对TPM的更多支持. 相比于TPM 1.2,TPM 2.0 的标准进行了较大幅度的调整和修改,改进了授权模式,同时最大限度的支持多种密码学算法,供用户选择,这其中加入了对ECC算法的支持,可以兼容中国提出的SM系列算法.

一.基本名称,容易混淆 1.dm-crypt是linux的2.6内核开始集成的一种磁盘加密功能.十几年来,连sche调度算法都被改了N次,但dm-crypt一直稳定在内核中,稳定性还是很好的. 2.cryptsetup是linux一般自带的一个用户态工具,用来操作dm-crypt. [root@localhost mnt]# whereis cryptsetup cryptsetup: /usr/sbin/cryptsetup /usr/share/.gz 3.luks是dm-crypt 最常用

没有tpm芯片,采用模拟器的方式来测试. 实验环境:内核版本 3.10.0-327 软件包准备: 内网,没有仓库,自己网上下载: 1. cmake-3.9.6-Linux-x86_64.tar.gz 解压后就已经有bin文件,可以直接使用bin下的cmake, ls cmake-3.9.6-Linux-x86_64/ bin doc man share 2. 然后下载gmp,我使用的是gmp-6.1.2版本, ./configure && make && make inst

FPKM与RPKM (2015-01-09 23:55:17) 转载▼ 标签: 转载   原文地址:FPKM与RPKM作者:Fiona_72965 定义:  FPKM:Fragment Per Kilobase of exon model per Million mapped reads:每1百万个map上的reads中map到外显子的每1K个碱基上的Fragments个数.在ref中,使用FPKM:   RPKM:Reads Per Kilobase of exon model per Mil

pm君第一次通过各种摸索,成功搭建了tpm模拟环境,本篇博客记录了如何去搭建tpm模拟环境,希望能给大家一些帮助. 参考资料(推荐看) ubuntu下安装TPM模拟器 --成功步骤:参考至第2节-安装GNU MP library Ubuntu 16.10 / 树莓派3 安装TPM_emulator:从第4节-安装TPM_emulator 参考至 第6节-与TPM_emulator交互(强烈推荐看) 准备 1.有一个Ubuntu环境的虚拟机 我用的虚拟机是VMware Workstation,Ub

TPM及TSS协议栈的安装 标签: 可信计算. 目录 安装环境介绍 TPM及TSS安装 软件包下载 TPM 安装 安装TSS 安装tpm-tools 交互过程 编写代码测试TPM是否可用 编写代码测试TSS是否可用 [对编译指令的一点说明](#10) 测试代码 环境 ubuntu 16.04 ubuntu 14.04 ubuntu 12.04都可以,本人使用的是Ubuntu16.04 TPM 及TSS安装 直接上干货吧 - 下面是仿真环境软件包依赖关系图 - 安装环境应该是由下至上按部就班的安装