1.  Bioconda是一个自动化管理生物信息软件的工具,就像APPstore.360软件管家一样. Bioconda的优点是安装简单,各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离,非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境 1.下载和安装miniconda bioconda的使用首先需要安装miniconda wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh 下载完成后,在终端键入bash命令进行安…

http://mp.weixin.qq.com/s/nK1Kkf9lfZStoX25Y7SzHQ 这篇文章主要适用于Linux平台,当然MacOS也行,不过它有更好安装方法. 此外网上也会许多更好的关于biconda的教程,这里还是抛砖应用,提供一种除了编译源码和直接下载二进制文件外安装生信软件的一种思路 bioconda是什么 官方介绍是: Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinform…

前期准备: 最好是python虚拟环境 [anaconda的创建虚拟环境] 创建 conda create -n caffeEnv(虚拟环境名字) python=3.6 激活环境 source activate caffeEnv 关闭 deactivate [python virtualenv创建虚拟环境] 创建 pip install virtualenv sudo apt-get virtualenv virtualenv caffeEnv(虚拟环境名字) -p /usr/bin/pytho…

conda create -n tensorflow python=2.7 conda activate tensorflow / source activate tensorflow anaconda search -t conda tensorflow anaconda show HCC/tensorflow-cpucompat 官方下载更新工具包的速度很慢,所以继续添加清华大学 TUNA提供的Anaconda仓库镜像,在终端或cmd中输入如下命令进行添加conda config --add…

前言:这几天算是被这东西困扰的十分难受,博客园和csdn各种逛,找教程,大家说法不一,很多方法也不一定适用,有些方法有待进一步完善.这里我借鉴了许多大神们的方法,以及自己的一些心得,希望对你们有一些帮助. 一.Anaconda下载 下载地址:https://www.anaconda.com/download/ 在官网下载所需的Anaconda版本,确认自己的系统(本人Windows64位系统),选择Python安装包下载即可.下面是我下载版本(我下载的是python2.7版本)的下载步骤: 步骤…

官方网站www.anaconda.com 1 Windos安装 一路下一步,注意添加环境变量 成功过后,测试一下,打开cmd命令行 2 Linux安装 下载完成后上传到linux bash Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh 一路回车和yes,到最后一个是否安装VScode选No就可以了 安装完成后再用户目录. 配置环境变量 vim ~/.bashrc 最后添加(注意安装的anaconda路径) export PATH=/root/anaconda3/bin:$P…

os安装 目前对tensorflow和cuda支持最好的是ubuntu的18.04 ,16.04这种lts,推荐使用18.04版本.非lts的版本一般不推荐. Windows倒是也能用来装深度GPU环境,但是Windows上的问题实在太多了,而且很多都是跟环境相关的,不具备普遍性,解决了也没有意义.所以真心不推荐Windows环境. 这里需要注意的是,ubuntu有桌面版本和服务器版本的区别,自己用的话,肯定是要桌面版本的,但是如果只是放在角落里做运算机又或者是桌面版本安装失败的时候,可以考虑服…

conda的确是一个非常好的工具,对于初学者而言,安装软件就跟用XXX软件管理器一样方便.正因为他如此便利,以至于我介绍如何手动安装工具时,总有人问我为啥不用conda. 我用conda,并且用的很好. 下面解决一个非常有趣的conda安装工具后出现的动态库缺失的问题.这是我最近遇到的例子, $ samtools samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object fi…

1.conda安装 在https://repo.continuum.io/miniconda/选择conda版本 wget "https://repo.continuum.io/archive/Miniconda2-4.5.12-Linux-x86_64.sh" bash Miniconda2-4.5.12-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc 2.添加镜像源 conda config --add channels conda-forge conda con…

vim     ~/.condarc channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu…

监测命令的运行时间 time command $ time sleep 5 real 0m5.003s # 程序开始至结束的时间,包括其它进程占用的时间片和IO时间 user 0m0.001s # 进程真正执行占用CPU的时间 sys 0m0.002s # 进程在内核中调用所消耗的CPU时间 user+sys是进程实际的CPU时间.如果多线程执行,这个时间可能大于Real.如果IO是瓶颈,则real会大于user+sys (单线程).   查看正在运行的命令和其资源使用 top 统计信息区 第一…

本篇文章为实验室工作站的jupyterhub安装配置笔记,由于软硬件等各种区别,安装过程难免有所区别,仅供大家参考. 实验室新到一台深度学习工作站,原本想装一个juoyter notebook直接开干,但是突然想到jupyter不支持多用户同时使用,因此决定装一个jupyterhub方便大家使用(虽然目前只有我用) 参考文章:https://www.jianshu.com/p/0285feaa2ba2(文章所使用的命令有稍许拼写错误,以及路径改变,推荐按照本人笔记进行安装,若安装过程遇到其他问题…

Anaconda安装第三方库 PIP使用命令 Anaconda命令 pip和conda 添加国内源 1:PIP相关命令 卸载 pip uninstall XXX 1.升级pip python -m pip install --upgrade pip 2.升级NumPy python -m pip install --upgrade numpy(此升级不稳定 建议下载最新版执行手动安装) 3: 带配置的升级 pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu…

安装python 之前安装python包,导致了python里面的包不兼容,用管理工具卸载也下载不掉,重新安装也安装不上,没有办法只能卸掉python重装. 安装Anaconda Anaconda指的是一个开源的Python发行版本,其包含了conda.Python等180多个科学包及其依赖项.conda也是一个非常好用的管理工具,只不过1500多个包自己用不了多少,我就选只Minicoda,是Anaconda的精简版本,只含有python和conda管理包. 清华大学Miniconda镜像 M…

参考网址:https://www.tensorflow.org/install/pip (或要VPN) 建议电脑是独显N卡机,安装前先升级驱动,减少不必要错误 1.下载Microsoft Visual C++ 2015 Redistributable Update 3(已安装更高级版或安装VS2015或VS2017可以跳过) https://www.microsoft.com/zh-CN/download/details.aspx?id=53587 2.启用长路径.(Win10)https://…

perl -MCPAN -e shell install Bio::SeqIO 或者直接perl -MCPAN -e 'install Excel::Writer::XLSX' 用cpan装不上,编译有问题,尝试用conda,成功安装. conda install -c bioconda perl-bioperl 然后还需要导出perllib,让perl能找到指定的pm包. 同时学perl.python和shell脚本会很容易将它们的语法搞混,本文主要是一个个人的总结,方便要用时的查询. per…

conda是个商业化公司,所以没有授权不能随便建立其镜像.虽说说的是发邮件询问基本上就能够拿到授权,然而现实是国内的各大开源镜像站都拿不到. 这个事情最近有进展了. 清华大学的镜像源已经拿到授权了 (但是好像仅限教育相关机构开放权限.) .所以我们现在还可以舒服的玩耍了. 下载安装 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 下载对应的版本安装即可. conda换源 参考,在终端内输入如下命令,即切换为清华源. conda con…

/var/lib/docker/overlay2 占用很大,清理Docker占用的磁盘空间,迁移 /var/lib/docker 目录 du -hs /var/lib/docker/ 命令查看磁盘使用情况. 1 docker system df命令,类似于Linux上的df命令,用于查看Docker的磁盘使用情况: 2 docker system prune命令可以用于清理磁盘,删除关闭的容器.无用的数据卷和网络,以及dangling镜像(即无tag的镜像) 3 docker system pr…

一.安装Pytorch: # -c 指定用pytorch镜像源下载软件conda install pytorch torchvision cpuonly -c pytorch 报错: 二.配置: channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/ - https://mirr…

一 更改pypi默认源 执行 pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 执行pip install scrapy就能迅速安装. 二 下载anaconda开源包管理器 Anaconda官网下载3.7安装包,完成安装. 修改用户目录下的 .condarc 文件:[1]添加 Anaconda Python 免费仓库.(Windows 用户无法直接创建名为 .condarc 的文件,可先执行 cond…

Conda是一个开源的包.环境管理器,可以用于在同一个机器上安装不同版本的软件包及其依赖,并能够在不同的环境之间切换 下载:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 安装: Next -> I Agree -> 选第二个然后Next->路径(自己选默认都行) Next -> 第一个选项的意思就是加入环境变量 第二个的意思是选择python默认版本 选第二个就好了 然后 Install -> Finish 就安…

Anaconda指的是一个开源的Python发行版本,其包含了conda.Python等180多个科学包及其依赖项.当你尝试pip install xxx时出现各种意外和依赖问题,那么conda就是一方良药.可以让你轻松的安装各种库并处理各种依赖问题. Anaconda安装 可以从官网下载,不过服务器在国外,所以很慢.推荐使用国内镜像网站:清华大学开源镜像站:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/,下载后一直next下去安装完…

一.安装 1.安装包下载: 方式1:官网:https://www.anaconda.com/distribution/ 方式2:清华镜像源:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 2.安装方式: windows:下载exe文件,双击安装即可 重点讲一下linux版本 1)下载.sh文件 2)在.sh文件目录中打开终端,或者终端切换到.sh安装包目录 3)修改.sh文件权限,命令如下: # xxx.sh为安装包名字 xxx.sh…

一.背景 需要学习mxnet,建一个conda虚拟软件环境. 二.步骤 1.下载anaconda安装文件:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh 2.安装: bash  Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh 3.验证c…

在安装之前,要确保运行Spleeter的计算机系统是64位,Spleeter不支持32位的系统.如何查看? 因为在linux环境下安装spleeter相对要简单很多,这篇教程先以Ubuntu20.04系统介绍安装教程.(在win系统下可以使用VMware虚拟机安装Ubuntu,之前永恒君也写过教程.) 在安装好Ubuntu20.04系统之后,就可以开始下面的步骤了. 安装步骤 1.下载并安装Anaconda 1-1 下载 Spleeter是基于python语言的工具,而Anaconda就是可以便…

[吴恩达课程使用]anaconda (python 3.7) win10安装 tensorflow 1.8 目前tensorflow是只支持到python3.6的,anaconda最新版本已经到python3.7.因为吴恩达课程比较旧一些,这里就配置更加稳定的win10+python3.5+tensorflow1.8版本. 一.国内镜像源配置 https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/ 各系统都可以通过修改用户目录下的 .condarc…

(实战项目应用) 1. 下载Miniconda 两个安装方式: 方式1:wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.2-Linux-x86_64.sh 方式2:选择下载安装包 "Miniconda3-py37_4.8.2-Linux-x86_64.sh" 2. 安装Miniconda 安装过程默认:具体过程为:yes->enter(回车)->yes 3. 检…

数据科学交流群,群号:189158789,欢迎各位对数据科学感兴趣的小伙伴的加入! 1.切换国内源 1.1.在家目录生成.condarc conda config --set show_channel_urls yes 1.2.修改.condarc文件 show_channel_urls: true channels: - defaults channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda default_channels:…

Mac下anaconda的安装和基本使用 安装 在conda官网下载安装conda. 打开terminal输入conda -V,回车显示conda的版本说明安装成功. 将conda更新到最新版本 conda update conda可将conda更新到最新版本. 查看已存在的虚拟环境 conda env list可查看已存在的虚拟环境. 这些虚拟环境都存储在Anaconda根目录下的env文件夹中. 创建一个虚拟环境 conda create -n env_name python=python_…

环境配置说明: 因项目需要,需要写一个说明文档交付公司人员,指导其进行环境的安装 1. 安装 Anaconda 进入清华开源软件镜像站,其网址如下:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 下载相应的版本: 移动到服务器后,运行bash Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh 进行安装: 根据相应提示回车即可 Welcome to Anaconda3 2019.10 In order to conti…