0. 基本参数 基因组大小:G Read读长:L 总Read条数:n_r 1. 碱基深度分布 单条Read测序覆盖到某一个碱基的概率:L/G 因为L/G很小,n_r很大,每个碱基覆盖深度服从泊松分布. 则每个碱基的覆盖深度的期望为:d_n=(L/G)*n_r 2. K-mer深度分布 假设基因组对K是unique的,可以得到G个不同的K-mer. 单条Read测序覆盖某个K-mer的概率:(L-K+1)/G 同样因为(L-K+1)/G很小,n_r很大,每个K-mer的覆盖深度服从泊松分布. 则每

KiKi's K-Number Time Limit: 4000/2000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 32768/32768 K (Java/Others) Total Submission(s): 2546    Accepted Submission(s): 1174 Problem Description For the k-th number, we all should be very familiar with it. Of course,t

转载请注明出处:http://blog.csdn.net/ns_code/article/details/26966159 题目描写叙述: 输入n个整数,找出当中最小的K个数.比如输入4,5,1,6,2,7,3,8这8个数字.则最小的4个数字是1,2,3,4. 输入: 每一个測试案例包含2行: 第一行为2个整数n,k(1<=n,k<=200000),表示数组的长度. 第二行包含n个整数.表示这n个数,数组中的数的范围是[0,1000 000 000]. 输出: 相应每一个測试案例,输出最小的k

例如:进入1.2.3,4,5,6.7.8此8数字,最小的4图的1,2,3,4. 思路1:最easy想到的方法:先对这个序列从小到大排序.然后输出前面的最小的k个数就可以.假设选择高速排序法来进行排序,则时间复杂度:O(n*logn) 注:针对不同问题我们应该给出不同的思路.假设在应用中这个问题的规模不大.或者求解前k个元素的频率非常高,或者k是不固定的. 那么我们花费较多的时间对问题排序.在以后是使用中能够线性时间找到问题的解,整体来说,那么思路一的解法是最优的. 思路2:在思路1的基础上更进一

D. Distance in Tree time limit per test 3 seconds memory limit per test 512 megabytes input standard input output standard output A tree is a connected graph that doesn't contain any cycles. The distance between two vertices of a tree is the length (

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对于一个非有序的数组A[p..r],求数组中第k小的元素. 如何考虑 排序(部分排序)就不用说了..o(nlgn),当然如果在实际情况中要一直取值,当然要排序后,一次搞定,以后都是O(1) 我们这里提供了取一次最K小的一个o(n)的解法,用了快速排序的一种思想,关键在于划分只一个部分,我们知道快速排序选择一个pivot对数组进行划分,左边小于pivot,右边大于等于pivot,所以我们计算左边小于pivot(加上pivot)的个数count总共有多少,如果等于k,正是我们所要的,如果大于k,说明

k聚类算法中如何选择初始化聚类中心所在的位置. 在选择聚类中心时候,如果选择初始化位置不合适,可能不能得出我们想要的局部最优解. 而是会出现一下情况: 为了解决这个问题,我们通常的做法是: 我们选取K<m个聚类中心. 然后随机选择K个训练样本的实例,之后令k个聚类中心分别与k个训练实例相等. 之后我们通常需要多次运行均值算法.每一次都重新初始化,然后在比较多次运行的k均值的结果,选择代价函数较小的结果.这种方法在k较小的时候可能会有效果,但是在K数量较多的时候不会有明显改善. 如何选取聚类数量

书中存在的一些疑问 kd树的实现过程中,为何选择的切分坐标轴要不断变换?公式如:x(l)=j(modk)+1.有什么好处呢?优点在哪?还有的实现是通过选取方差最大的维度作为划分坐标轴,有何区别? 第一种方法网上也没具体的解释,我不是很清楚其原因(可能要去论文上找原因). 不过第二种方法的话,方差越大,说明这个维度数据的相似性就越差,就越容易通过选取中点的方式将数据集分开,kd树的效率就越高,试想如果你挑了一个维度其中数据全为一样,那么kd树的建立过程就无法将使用挑选中位数的方法来达到,而且后面的

询问树上距离为k的点对是否存在 直接n^2暴力处理点对 桶排记录 可以过 #include<cstdio> #include<cstring> #include<algorithm> using namespace std; ; ; ], nxt[MAXM << ], Head[MAXN], ed = ; ]; ]; inline void addedge(int u, int v, int c) { to[++ed] = v; cost[ed] = c;

给定一个整数数组和一个整数 k,你需要找到该数组中和为 k 的连续的子数组的个数. 输入:nums = [1,1,1], k = 2 输出: 2 , [1,1] 与 [1,1] 为两种不同的情况. 链接: leetcode. 解题思路: 第一反应回想到双指针的算法,但是数组中的元素有可能为负数,所以,时间复杂度可能是n三方的. 然后到利用数组的前缀和,然后二次循环遍历,这样时间复杂都是n方的. 其实可以改进上一种算法,将已经遍历过的元素前缀和存到哈希表中,然后在计算之后的总和时,只要查询哈希表中

1.官网简介 http://cab.spbu.ru/software/quast-lg/ QUAST- lg是QUAST的一个扩展,用于评估大型基因组装配(直至哺乳动物大小).QUAST- lg从5.0.0版本开始包含在QUAST包中(下载最新版本).像往常一样运行QUAST,不要忘记在您的命令中添加‐large选项! 新功能的简短列表(参见所有更改): 通过使用新的快速比对(minimap2)和重构对齐分析模块,显著提高了速度 新的基于k-mer的评估基因组完整性和正确性度量 BUSCO增加了

https://www.patest.cn/contests/pat-a-practise/1022 直接模拟, 输入,按id排序,检索 #include <iostream> #include <string> #include <algorithm> using namespace std; struct book //图书结构 { string id; string title; string author; int k; //关键词数量 string key[5

给你若干给字符串,再给你一个m,问长度是m的字符串中包含给定字符串的数量mod 10007是多少 这个拿过来啥思路也没有,后来还是看了题解,才知道,原来,原来....那个带fail的Trie还可以搞别的 网上的大多数都是26^m-补集做的,麻烦啊,网上有一个非洲猴的blog写的挺好的 设f[i][j][k]表示什么呢,表示i:0..1 j:0..m k:0...size 表示i状态,匹配到j,在Trie上是k的数量 f[i | val[next[c]]][j + 1][next[c]] += f

申明:本文非笔者原创,原文转载自:http://www.sigvc.org/bbs/thread-2187-1-3.html 4.2.初级(浅层)特征表示 既然像素级的特征表示方法没有作用,那怎样的表示才有用呢? 1995 年前后,Bruno Olshausen和 David Field 两位学者任职 Cornell University,他们试图同时用生理学和计算机的手段,双管齐下,研究视觉问题. 他们收集了很多黑白风景照片,从这些照片中,提取出400个小碎片,每个照片碎片的尺寸均为 16x1

转载自:白话算法(6) 散列表(Hash Table)从理论到实用(上) 处理实际问题的一般数学方法是,首先提炼出问题的本质元素,然后把它看作一个比现实无限宽广的可能性系统,这个系统中的实质关系可以通过一般化的推理来论证理解,并可归纳成一般公式,而这个一般公式适用于任何特殊情况. ——R.A. Fisher 在一个解决方案的复杂性之中,理论或者概念的部分通常只占有限的一小部分.理论无法做实际的工作——否则它也不成其为理论了.从理论到实用,需要经过一系列的发明.从实用到更加实用.更加通用,往往需要

Codeforces Beta Round #83 (Div. 1 Only) A. Dorm Water Supply 题意 给你一个n点m边的图,保证每个点的入度和出度最多为1 如果这个点入度为0,那么这个点就是水龙头点. 如果这个点的出度为0,那么这个点就是储存点. 现在让你把所有水龙头到储存点的路径都输出出来,且输出这条路径的边权最小值 题解 显然是个仙人掌图,所以直接XJB暴力就好了 代码 #include<bits/stdc++.h> using namespace std; co

题目问[1,n]有几个数是$m^k (k>1)$形式. 如果这样考虑,m已知k未知,对于每一个m统计其k的数量即$\lfloor log_mn \rfloor$个,再容斥,然而m太多了,完全不可行. 而k远远比m还少,应该反过来考虑,m未知k已知,对于每一个k统计其m的数量,即$\lfloor \sqrt[k]n \rfloor$个. 由于$n \leqslant 10^{18}$,而$2^{60} > 10^{18}$,所以k的范围就是小于60的整数. 然而60用容斥$2^{60}$还是不可

first def first(): T first返回RDD中的第一个元素,不排序. 例子: count def count(): Long count返回RDD中的元素数量 例子: reduce def reduce(f: (T, T) ⇒ T): T 根据映射函数f,对RDD中的元素进行二元计算,返回计算结果(可用于求和,字符串叠加等等) 例子: take def take(num: Int): Array[T] take用于获取RDD中从0到num-1下标的元素,不排序 例子: top

sgu 542 Gena vs Petya sgu 543 Cafe 题意:有N组人需要被分配到某些固定了人数的桌子上,其中ai表示第i组有多少个人,安排作为需要符合如下安排:某一组的人员不能够单独在一张桌子,每张桌子坐的人数不能够超过其限制,问至少要安排多少张给定了人数限制的桌子. 分析:此题是一个贪心题,如果直接求解的话,由于桌子的数量是未知的,因此不太好分配,因此二分桌子的数量,在已知桌子的数量后运用贪心规则来求得最优解.但尽管在二分已知桌子的情况下还是不太好实现这个贪心规则.其思路是这样

[bzoj1027]合金 分析 数形结合+计算几何+Floyd最小环. http://blog.csdn.net/popoqqq/article/details/40539273 虽然这样占大家的很不好,但是我的确需要这么做. 小结 (1)最小环的写法 (2)凸包的一种简易算法 RT. (3)关于计算几何的练习 通过做这道题,计算几何的模板也熟悉了一些. 计算几何如何调试? 这个么...好像只能瞪眼法了. 代码 #include <cstdio> #include <climits>